Lisensi paten berkaitan erat dengan hukum anti monopoli. Hal ini dikarenakan kekhasan yang di miliki oleh hukum paten yaitu adanya sifat monopoli yang melekat pada hukum paten. Monopoli dalam paten bersifat terbatas yaitu mengecualikan pihak lain untuk membuat, menggunakan dan menjual penemuan sampai dengan jangka waktu tertentu. Monopoli dalam lisensi paten di satu sisi bertujuan untuk mendorong penemuan teknologi baru dan ilmu pengetahuan sekaligus memberikan penghargaan terhadap penemu/ inventor. Di sisi yang lain monopoli bila disalahgunakan dapat menyebabkan praktek monopoli yang dilarang oleh Hukum Antimonopoli.
Dampak praktek monopoli dalam lisensi paten harus dilarang dan dihindarkan. Pengaturan yang tegas dalam peraturan perundang-undangan sangat diperlukan agar monopoli terbatas dalam paten tidak disalahgunakan oleh pemegang hak untuk melakukan praktek-praktek perdagangan yang bersifat monopoli ataupun persaingan usaha yang tidak sehat.
Undang-Undang 14 tahun 2001 tentang paten, pada pasal 71 disebutkan bahwa lisensi paten dilarang apabila memuat ketentuan yang merugikan perekonomian Indonesia ataupun menghambat alih teknologi. Pelaksanaan pasal 71 ini perlu pengaturan lebih lanjut namun demikian sampai sekarang peraturan pelaksananya belum ada. Undang-undang Anti Monopoli yang diharapkan dapat melindungi kompetisi dan melarang praktek monopoli ternyata justru mengecualikan Hak Kekayaan Intelektual. Termasuk di dalamnya lisensi paten.
Hukum Internasional maupun hukum nasional negara lain tidak mengecualikan lisensi paten dalam hukum persaingannya. Seharusnya Indonesia dapat belajar dari negara-negara lain yang tidak mengecualikan lisensi paten dalam hukum persaingannya. Pengecualian ini dapat menjadi celah bagi para pelaku usaha untuk menyalahgunakan lisensi paten sebagai sarana mendapatkan atau mempertahankan monopoli melalui praktek-praktek monopoli dan persaingan usaha tidak sehat.