Badan Pengelola Transjakarta-Busway adalah lembaga non-struktural, maka memiliki berbagai keterbatasan sedangkan perubahan dan peningkatan ekskalasi bisnis sangat cepat dan kebutuhan masyarakat untuk memperoleh layanan yang berkualitas tinggi dan memberikan mobilitas kota yang cepat dan nyaman dan berbiaya rendah sudah sangat mendesak. Badan Pengelola Transjakarta-Busway mengandung fungsi rangkap, yaitu fungsi regulator, dan kebijakan serta fungsi bisnis. Oleh karenanya perlu dipisahkan antara fungsi regulator dan kebijakan serta fungsi bisnis tersebut dengan cara fungsi regulator dan kebijakan dipegang oleh Pemda melalui instansi-instansi terkait, sedangkan fungsi bisnis dipegang oleh Badan Pengelola Transjakarta.