Dengan adanya perubahan paradigma dari sentralisasi kepada desentralisasi, melalui kebijakan otonomi daerah telah memberikan kewenangan kepada daerah untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan dan kepentingan masyarakat setempat sesuai dengan peraturan perundang-undangan.Untuk mengkaji apakah dalam implementasi otonomi daerah di kabupaten Manokwari suatu studi awal terhadap penataan kewenangan, kelembagaan dan kepegawaian yang dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten Manokwari, maka dikemukakan tiga permasalahan : pertama, bagaimana penataan kewenangan yang dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten Manokwari? kedua, bagaimana penataan kelembagaan yang dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten Manokwari? Dan ketiga, bagaimana pula penataan kepegawaian yang dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten Manokwari pada era otonomi daerah dewasa ini?Penelitian ini menggunakan jenis penelitian deskriptif dengan pendekatan kualitatif Sumber datanya adalah informan yang didukung oleh dokumen dan pustaka yang relevan dengan selling dan field penelitian. Instrumen penelitian meliputi peneliti sendiri dengan pedoman wawancara, dengan prosedur penelitian melalui wawancara dan diskusi secara mendalam.Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa dalam rangka penataan kewenangan, kelembagaan dan kepegawaian di kabupaten Manokwari, memerlukan suatu perhatian yang serius dari pemerintah daerah, karena sebagaimana di ketahui bahwa ketiga aspek tersebut merupakan satu mata rantai yang tidak dapat dipisah-pisahkan satu dengan yang lainnya. Artinya bahwa pegawai yang melaksanakan kewenangan dan menduduki kelembagan yang ada, paling tidak baik dari segi junnlah maupun kualifikasi dapat memenuhi kebutuhan sehingga pelayanan kepada masyarakat dapat berjalan dengan baik. Karena sebagaimana diketahui bahwa jumlah pegawai yang mendukung penyelenggaraan pemerintahan, pembangunan dan pelayanan kepada masyarakat di kabupaten Manokwari sebanyak 5.308 orang, dari segi jumlah dikatakan cukup banyak namun dari segi kualitas dirasaitan masih kurang, dan hal ini menjadi permasalahan bagi pemerintah daerah kabupaten Manokwari, oleh sebab itu perlu ada kebijkan dan strategi yang diambil oleh pemerintah daerah kabupaten Manokwari untuk meningkatkan kualitas aparaturnya, sehingga dapat melayani masyarakat dengan baik pada era otonomi daerah yang sedang berjalan dewasa ini.