Berkaitan krisis ekonomi yang terjadi pada tahun 1998, penelitian ini mencoba melihat apakah ada perubahan tingkat efisiensi wilayah. Seiring dengan era otonomi daerah dan berkaitan dengan proses aglomerasi perlu diketahui keterkaitan antar wilayah dalam hal tingkat efisiensi. Karakteristik wilayah yang lebih terbuka mengindikasikan adanya hubungan spasial. Pengaruh faktor space ini dicoba dianalisis dalam penelitian ini. Dengan menggunakan Metode Data Envelopment Analysis (DEA) yang berbasis program linier dengan menggunakan lima variabel input yaitu jumlah tenaga kerja, bahan baku, bahan bakar, modal dan listrik dan satu variabel output dari data Industri Besar dan Sedang 107 kabupaten dan kota Pulau Jawa, dilakukan perhitungan tingkat efisiensi wilayah. Dengan metode DEA dapat diperoleh tingkat efisiensi wilayah secara relatif terhadap wilayah yang lain dan wilayah referensi. Evaluasi tingkat efisiensi dapat dilakukan dengan berpedornan pada wilayah referensi yang menjadi benchmark bagi wilayah lain. Hasil perhitungan dengan metode DEA dapat diketahui tingkat efisiensi wilayah kabupaten dan kota Pulau Jawa pada tahun 1993, 1998 dan 2003. Secara umum pada masa krisis ekonomi terjadi perubahan tingkat efisiensi wilayah. Dengan membuat rangking antar wilayah dapat diketahui posisi tingkat efisiensi tiap wilayah dibandingkan wilayah lain. Dengan Moran'I., value diketahui bahwa terdapat spatial autocorrelation. Tingkat efisiensi suatu wilayah ternyata terpengaruh oleh tingkat efisiensi wilayah tetangga. Wilayah-wilayah dengan tingkat efisiensi tinggi cenderung mengumpul. Hal ini menguatkan teori aglomerasi, yaitu penghematan yang terjadi akibat fenomena berkumpul. Dengan efisiensi yang tinggi maka tingkat keuntungan yang diperoleh akan meningkat. Keuntungan merupakan elemen pembentuk nilai tambah bruto. Secara empiris dapat dibuktikan bahwa terdapat hubungan positif antara tingkat efisiensi wilayah dan produk domestik regional bruto (PDRB). Tingkat efisiensi wilayah mempengaruhi produk domestik regional bruto yang dihasilkan.