Mekanisme pemungut PPN/WAPU PPN telah dimanfaatkan oleh kontraktor kontrak karya/Badan-badan Tertentu utk melakukan keterlambatan penyetoran PPN. Dengan dicabutnya ketentuan pemungut PPN pada Badan-badan Tertentu oleh pemerintah telah menimbulkan reaksi dari Badan-hadan Tertentu khususnya Badan-badan Tertentu pada sektor Migas untuk tetap menjadi Pemungut PPN/WAPU PPN. Kontrak Karya yang ditandatangani setelah tahun 1994 menyebutkan bahwa Kontraktor sebagai Pemungut Pajak berkewajiban untuk memungut, menyetor dan melaporkan PPN berdasarkan UU PPN tahun 1994 dan peraturan pelaksananya sehingga berdasarkan Kontrak Karya tersebut Kontraktor Kontrak Karya masih berstatus sebagai Pemungut PPN.
Dalam metode pemajakan pertambahan nilai terikat oleh 4 asumsi dasar yang merupakan ciri khas dari Pajak Pertambahan Nilai. (1) Sasaran akhir dari pemajakan pertambahan nilai adalah penerima unsur2 pertambahan nilai tsb, (2) pemungutan pajaknya terjadi di tempat dan pada waktu pertambahan nilai tersebut tercipta, (3) penanggung jawab perhitungan pemungutan dan penyetoran pajak ke kas negara adalah tempat terciptanya pertambahan nilai tersebut dan (4) beban pajak tersebut dapat atau secara konsep dimaksudkan untuk dilimpahkan kepada para konsumen. Pada mekanisme khusus/WAPU PPN, telah terjadi menyimpangan terhadap asumsi dasar pemajakan pertambahan nilai karena penanggung jawab perhitungan pemungutan dan penyetoran pajak ke kas negara dilakukan bukan pada tempat terciptanya pertambahan nilai tapi pada tempat dikonsumsinya pertambahan nilai.
Penelitian dilaksanakan di PT XYZ. Metode yang digunakan bersifat deskriptif analisis dengan pcndekatan kualitatif. Analisa data yang dilakukan dalam penelitian ini bersamaan dengan pengumpulan data-data yang didapat. Di samping itu dibangun kerangka konseptual untuk membantu dalam melakukan analisa pendekatan kualitatif.
Hasil penelitian ini menunjukan bahwa status sebagai pemungut PPN masih diminati oleh Badan-badan Tertentu sebagai satu sarana unluk mengamankan kewajiban pembayaran PPN atas konsumsi barang dan jasa yang diperoleh dari Rekanan Badan-badan tertentu. Setelah PT XYZ tidak berstatus sebagai WAPU PPN dikelahui bahwa terdapat rekanan PT XYZ/Pengusaha Kena Pajak yang belum mengerti mekanisme PPN secara umum dan juga terindikasi adanya niat untuk melakukan penyelundupan pajak. Salah satu kelemahan mekanisme Pajak Pertambahan Nilai adalah sangat rawan dari upaya penyelundupan pajak untuk itu dituntut adanya pengawasan yang lebih cermat oleh administrasi pajak serta tingkat kepatuhan wajib pajak dalam melaksanakan kewajiban perpajakannya. Dalam mekanisme khusus/WAPU PPN, Pemungut PPN dapat membantu melakukan pengawasan dalam melaksanakan kewajiban PPN karena setoran pajak ke kas negara dilakukan oleh WAPU PPN. Pada mekanisme khusus/WAPU PPN saat terutang Pajak Penambahan Nilai adalah saat dilakukan pembayar tagihan kepada rekanan oleh WAPU PPN. Hal ini tclah dimanfaatkan oleh Kontraktor Kontrak Bagi Hasil dan Kontrak Karya untuk melakukan keterlambatan penyetoran Pajak Pertambahan Nilai dengan cara menunda pembayaran tagihan kepada rekanan maupun menunda penyetoran PPN. Untuk itu PT XYZ telah menerapkan beberapa prosedur/program yaitu; Cash Discount , E-Invoicing dan Surat Setoran Pajak/SSP yang berbasis elektronik didalam proses pembayaran Tagihan kepada Rekanannya dan setoran pajak untuk meminimalkan tingkat keterlambatan pembayaran invoice-invoice dari Rekanan PT XYZ.
Atas dasar penelitian tersebut hendaknya pemerintah tegas menentukan kebijakan untuk meniadakan Pemungut PPN atau tetap meneruskan kebijakan menetapkan Badan-badan tenentu sebagai pemungut PPN . Ketegasan kebijakan itu harus diikuti dengan kepastian hukum sehingga tidak ada pertentangan dalam hukum yang menjadi dasarnya.
Work contract-based contractors/certain institution have long been taking advantages of the VAT/ VAT COLLECTOR mechanism to delay their VAT payment. The annulment of stipulation by the Govemmcnt on VAT collection performed by certain institutions has resulted in reaction from certain companies engaged in oil and gas sector (Migas) to continue being VAT COLLECTOR. Besides, work contract signed after 1994 stipulates that the contractors as VAT COLLECTORS are obliged to collect, to deposit, and to report VAT in accordance with Law No. 11 on VAT.Actually, VAT is theoretically based on four fundamental assumptions that: (1) the very targets of value-added tax are receivers of the value-added elements; (2) tax collection takes place at the place where and at the time when add-values are created; (3) the place creating add value is responsible to collect and to pay value-added tax to the state treasury; and (4) tax burden can conceptually be transferred to consumers. Special mechanism of VAT/VAT COLLECTOR has been marred by distortion to the fundamental assumption of VAT since the responsibility to collect and to deposit VAT to the State Treasury is bome not by the place producing the add values but by the place consuming the add values.This research was conducted at PT XYZ with descriptive-analytic method and qualitative approach. The data were analyzed at the time they were collected. ln addition, a conceptual framework was made for analysis with qualitative approach.The results of this research show that certain companies remain interested in VAT COLLECTOR status to secure their obligation to pay VAT upon consumption goods and services gained from their business partners. After VAT COLLECTOR status of PT XYZ was invalidated, it was found that many partners of the Company, or company taxpayers, have not understood the general mechanism of VAT. In addition, an indication that many PT XYZ's partners have an intention to embezzle VAT was alsorevealed in this research. One of the weaknesses of the current VAT collection mechanism is that it is prone to tax embezzlement. Therefore, it is imperative to apply higher level of monitoring and to demand high level of compliance from taxpayers in performing their obligations. In the Special mechanism of VAT Collection, VAT COLLECTORS can give their assistances to monitor VAT payment because it is VAT COLLECTORS that deposit VAT to the State Treasury. Under the special mechanism of VAT COLLECTOR, the indebtedness time of VAT is the time when VAT COLLECTORS make payment upon the invoice from their partners. Actually, Work Contract-based contractors/certain Institutions have taken advantages from this condition by delaying their VAT payments to the State Treasury. ln light of the above reasons, PT XYZ has applied several procedures or programs, including Cash Discount and E-invoicing in payment process to its partners and electronic-based Tax Payment Receipt (SSP) in payment process to the State Treasury in order to minimize delay in invoice payment fiom PT XYZ's partners.Based on the research results and in order to provide legal certainty in VAT collection, the Govemment should decide whether or not it will continue the policy to appoint certain institutions as VAT collectors. This decision should be coupled by legal certainty to avoid legal contradiction.