Infeksi saluran cerna oleh parasit memiliki angka morbiditas dan mortalitas yang tinggi di seluruh dunia. Angka kejadian infeksi saluran cerna oleh parasit tertinggi didapatkan di negara berkembang dan negara dengan tingkat ekonomi rendah terutama di daerah-daerah tropis. Indonesia sebagai negara tropis dan negara berkembang dengan tingkat ekonomi rendah diperkirakan memiliki prevalensi infeksi saluran cerna oleh parasit yang cukup tinggi. Parasit penyebab infeksi saluran cerna sangat beragam dan penelitian mengenai parasit penyebab infeksi saluran cerna di Indonesia masih sedikit tetapi penelitian yang dilakukan oleh Kang dan kawan-kawan di India mendapatkan infeksi saluran cerna oleh parasit terbanyak disebabkan oleh Giardia (53,8%) dan Cryptosporidium (39,7%).Cryptosporidium pertama kali ditemukan pada anak imunokompeten berusia 3 tahun pada tahun 1976. Setelah itu Cryptosporidium dilaporkan menimbulkan endemik di daerah Milwaukee pada tahun 1993 yang menginfeksi 400.000 orang. Meskipun telah dilakukan berbagai pencegahan dan kesadaran masyarakat mengenai kebersihan makin tinggi, ternyata angka kejadian cryptosporidiosis yang tercatat di Amerika Serikat tetap tinggi yaitu pada tahun 1999 dilaporkan terdapat 2.769 kasus, tahun 2001 terdapat 3.787 kasus dan pada tahun 2002 terdapat 3.016 kasus.Beberapa peneliti telah melaporkan kejadian cryptosporidiosis pada penderita acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) dan pengidap human immunodeficiency virus (HIV). Seiring dengan meningkatnya angka kejadian AIDS dan pengidap H1V di dunia maka diperkirakan angka kejadian cryptosporidiosis turut meningkat. Di Indonesia sendiri telah dilaporkan peningkatan kasus AIDS mencapai 5823 kasus dan 4333 kasus HIV sehingga diperkirakan angka kejadian cryptosporidiosis juga turut meningkat.Prevalensi cryptosporidiosis di negara berkembang diperkirakan berkisar 5-20% dan di negara miskin mencapai lebih dari 30%. Cryptosporidium lebih sering menginfeksi anak-anak. Prevalensi tertinggi terjadi pada anak usia di bawah 5 tahun. Perch dkk dalam penelitiannya mendapatkan prevalensi terbanyak pada usia di bawah 3 tahun. Diperkirakan hal ini erat hubungannya dengan status imun anak. Berbagai hal dapat mempengaruhi terjadinya cryptosporidiosis seperti kekurangan air bersih, sanitasi buruk, kepadatan rumah tinggal, banyak hewan di lingkungan perumahan, letak rumah dekat dengan sungai atau peternakan, rumah tinggal yang terkena banjir, musim, serta faktor risiko individu seperti status gizi. Katsumata dan kawan-kawan dalam penelitian yang dilakukan di Surabaya mendapatkan faktor risiko infeksi Cryptosporidium berupa kepadatan rumah tinggal, musim hujan dan rumah tinggal yang terlanda banjir. Saat ini belum terdapat data prevalensi infeksi Cryptosporidium pada anak balita maupun faktor risiko penyakit ini di Jakarta.