E-commerce diartikan sebagai mekanisme bisnis dengan menggunakan media elektronik. Perkembangannya dari tahun ke tahun menunjukan peningkatan yang sangat signifikan seiring dengan kemajuan teknologi informasi. Peluang untuk mengenakan pajak atas transaksi ini sangat besar terutama Pajak Konsumsi yaitu Pajak Pertambahan Nilai (PPN). Namun sampai dengan saat ini, ketentuan perpajakan yang berlaku, yaitu UU PPN Tahun 2000, belum mengatur secara jelas tentang bagaimana sistem dan prosedur pengenaan PPN atas transaksi ini. Pada beberapa negara seperti Irlandia, Inggris, Australia dan Singapura secara khusus telah membuat aturan mengenai transaksi ini.Tesis ini disusun berdasarkan penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode deskriptif analisis. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk melukiskan substansi ekonomi transaksi e-commerce. Pengumpulan data untuk keperluan analisis diperoleh melalui penelitian dokumen meliputi studi kepustakaan dan wawancara dengan pejabat di lingkungan Direktorat Jenderal Pajak, yaitu staf Sub Direktorat PPN Jasa dan Kepala Sub Direktorat Aplikasi Politik Hukum dan Keamanan Direktorat E-Business pada Departemen Komunikasi dan Informatika. Kerangka teori yang digunakan adalah teori sistem dan pemungutan pajak, teori PPN, prinsip pemajakan, dan konsep penyerahan. Sebagai perbandingan, dilakukan studi pustaka terhadap beberapa negara untuk mengetahui bagaimana negara-negara tersebut memperlakukan transaksi e-commerce dalam ketentuan PPN-nya. Bagaimana negara tersebut melakukan identifikasi atas obyek, subyek dan saat terutangnya dan bagaimana prosedur administrasinya. Berdasarkan penelitian, Indonesia masih dimungkinkan melakukan pengenaan PPN atas transaksi e-commerce berdasarkan ketentuan Undang-undang perpajakan terutama UU PPN Tahun 2000 dan UU KUP Tahun 2007. Ketentuan pengenaan PPN diperkuat juga dengan dikeluarkannya aturan UU Informasi dan Transaksi Elektronik (UU Nomor 11 Tahun 2008) yang intinya mengatur masalah penggunaan dokumen elektronik, tanda tangan elektronik dan pengaturan pelaku transaksi e-commerce. Untuk itu diharapkan Direktorat Jenderal Pajak agar membuat aturan yang jelas mengenai transaksi e-commerce terutama dalam membuat sistem dan prosedur pengenaan PPN atas transaksi e-commerce yang didasarkan atas asas kepastian hukum, asas kemudahan dan berbiaya rendah dengan menggunakan bantuan teknologi.The term e-commerce is defined as a business mechanism using electronic media. It is shown that e-commerce develops significantly year by year along with the development of information technology. Although, the possibility to impose consumption tax namely Value Added Tax (VAT) on such transaction is very high. However, until now, the Indonesian VAT Law ( Law Number 18 Year 2000) has not clearly ruled the system and procedure of it. In some countries, as a comparison, such as Ireland, United Kingdom (UK), Australia and Singapore, VAT already apllied to this transaction. This thesis is drawn up pursuant to reseach by using qualitative approach with analyzes descriptive methode. The aim of this research is to describe the economic substance of e-commerce transaction for impose VAT purpose. Data collection for the purpose of analyzes was obtained through document evaluation comprising bibliography study and site research that shall cover interview with officials of Directorat General of Taxes and Sub Directorate of Politic, Law and Security Application on Departement of Information and telematics. Theoretical reference applied is tax collection and tax system theory, VAT theory, taxing principles, and supplies concept. As a comparison, bibliography study and site research is done to certain country to describe how their VAT regualation treating e-commerce taxation. How they identify the object, person, tax due and it?s administration procedure.

According to this research, Indonesia is still enable to impose VAT on e-commerce transaction pursuant to taxation law, that is VAT Law and The General Tax Provisions and Procedures Law, and trenghtened with The Law of Information and Electronic Transaction (Law Number 11 Year 2008) that arrange of using electronic document, digital signature, and the arrangement of the persons who involve in electronic transaction (e-commerce). Therefore, it is advisable to Directorate General of Taxes in order to make a clear and comprehensive regulation about e-commerce transaction, especially in making system and procedure for taxing VAT on e-commerce transaction base on certainty principle, ease of administration and low cost by using technology.