Deteksi dan identifikasi rotavirus A menggunakan sampel feses anakanak penderita diare di Denpasar, Jakarta, Makassar, Mataram, dan Yogyakarta dilakukan di Bacterial Diseases Program US NAMRU-2, Jakarta, dari Februari hingga Mei 2008. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman genotipe rotavirus A di Indonesia, khususnya di daerah penelitian. Responden penelitian adalah 1.726 anak berusia 1 hingga 71 bulan, terdiri atas 39,28% anak perempuan dan 60,25% anak laki-laki penderita diare yang berobat ke puskesmas atau rumah sakit dari September hingga Desember 2007. Metode deteksi dan identifikasi yang digunakan adalah seminested-multiplex RT-PCR. Deteksi terhadap rotavirus A menghasilkan prevalensi sebesar 56,89% (982 dari 1.726 sampel). Prevalensi rotavirus A pada anak perempuan (39%) lebih rendah dibandingkan prevalensi pada anak laki-laki (60,49%), dengan anakanak dalam kelompok umur 1--12 bulan memiliki prevalensi tertinggi (63,14%) dan terdapat kecenderungan penurunan prevalensi pada kelompok umur yang semakin besar. Identifikasi genotipe rotavirus A menghasilkan 5 tipe gen pengkode VP7 (genotipe G1, G2, G3, G4, dan G9) serta 6 tipe gen pengkode VP4 (genotipe P[4], P[6], P[8], P[9], P[10], dan P[11]), dengan prevalensi kombinasi genotipe tertinggi (11%) adalah G1P[8].