Penelitian mengenai struktur komunitas diatom di Pulau Penjaliran Timur dan Teluk Jakarta telah dilakukan masing-masing pada bulan Juni 2007 dan Maret 2008. Sampel diambil secara horizontal dari 10 stasiun di sekeliling perairan Pulau Penjaliran Timur dan 6 muara sungai di Teluk Jakarta. Hasil identifikasi sampel fitoplankton berupa 57 jenis diatom dari perairan Pulau Penjaliran Timur dan 30 jenis dari Teluk Jakarta. Kepadatan diatom di Pulau Penjaliran Timur berkisar antara 24.232--127.079 plankter/m3 yang didominasi oleh Coscinodiscus sp. dan Rhizosolenia alata. Kepadatan diatom di perairan Teluk Jakarta berkisar antara 15.148--854.192 plankter/m3 yang didominasi oleh Skeletonema costatum. Indeks kekayaan, kemerataan, dan keanekaragaman jenis diatom di perairan Pulau Penjaliran Timur lebih tinggi dibandingkan Teluk Jakarta. Skeletonema costatum tidak terdapat pada perairan Pulau Penjaliran Timur, namun sangat mendominasi di Teluk Jakarta. Berdasarkan struktur komunitas, jenis Skeletonema costatum diduga merupakan jenis spesifik pada perairan tercemar sehingga dapat digunakan sebagai indikator kerusakan lingkungan perairan.