Keragaman enterovirus di Indonesia belum banyak diketahui, terutama enterovirus nonpolio spesies Human enterovirus C (HEV-C) yang dapat berekombinasi dengan poliovirus galur oral poliovirus vaccine (OPV).Penelitian bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi enterovirus pada anakanak balita di Desa Antajaya yang memiliki fasilitas sanitasi minim. Sampel feses dikumpulkan selama bulan Februari--Juni 2008 dari 100 anak-anak balita partisipan serta dianalisis melalui metode CODEHOP VP1 RT-snPCR, sequencing parsial gen pengkode kapsid VP1, penelusuran BLAST, dan rekonstruksi pohon filogenetik. Prevalensi enterovirus paling tinggi yang terdeteksi dan teridentifikasi terdapat pada kelompok umur 12--23 bulan dengan kecenderungan penurunan prevalensi pada kelompok umur yang semakin besar. Analisis pohon filogenetik dari 65 sampel positif enterovirus memperlihatkan 14 cluster berbeda yang sesuai dengan 14 serotipe enterovirus hasil penelusuran BLAST, yaitu coxsackievirus A2 (CVA2), CVA5, CVA10 dari spesies HEV-A (16,92%); echovirus 1 (E1), E9, E14, E21, E25, coxsackievirus B3 (CVB3), CVB4 dari spesies HEV-B (38%); dan poliovirus 2 (PV2), CVA1, CVA20, CVA24 dari spesies HEV-C (24,62%). Prevalensi enterovirus nonpolio spesies HEV-C yang relatif tinggi dalam penelitian dapat menjadi salah satu dasar pertimbangan penggunaan inactivated poliovirus vaccine (IPV) di Indonesia untuk mencegah wabah poliomielitis akibat rekombinasi antara poliovirus galur OPV dan enterovirus nonpolio spesies HEV-C.