Perairan teluk Pelitajaya dan Kotania di Seram Bagian barat terkenal dengan ekosistem lamun yang luas dan keanekaragaman biota laut tinggi. Sampai sekarang, peneliti jarang yang membahas secara intensif ketersediaan informasi data kondisi lamun di daerah ini. tujuan penelitian ini yaitu mengidentifikasi daerah perlindungan lamun berdasarkan kondisi lamun dan biota asosiasinya. Untuk memetakaanya menngunakan data citra satelit ASTEr. Menggunakan program ArcGIS 9.2 dan ENVI 4.3 analisis tumpang tindih dan interpretasi sebaran ekosistem padang lamun dapat dilakukan. Uji lapangan dilakukan pada areal 15m x 15 m dan data rinci frame kuaadrat 0,5m x 0,5 m. Data rinci yang dikumpulkan antara lain tutupan lamun menggunakan paduan penilaian secara cepat pada habitat lamun di pasific bagian barat. Metode pembobotan digunakan untuk mengestimasikan kondisi lamun dan biota asosiasi. Berdasarkan hasil analisis diketahui kondisi lamun 'sangat baik sampai baik', berada di perairan terbuka yaitu di Dusun Tamanjaya, Loupesi, bagian barat Pulau Osi dan Pulau Burung. Kondisi lamun 'sedang sampai jelek', cenderung berada di perairan yang terlindung yaitu di Dusun Pohon Batu, Pelitajaya dan Kotania. Hasil identifikasi daerah perlindungan lamun dan biota asosiasinya turut dibahas dalam makalah ini.