Perairan Muara Cisadane merupakan perairan penting bagi ketersediaan sumberdaya perikanan masyarakat, namun saat ini ditengarai tingkat pencemaran yang terjadi di hulu dan hilir sungai makin meningkat. Tingkat pencemaran limbah domestik di perairan Muara Cisadane telah dipelajari dengan menggunakan parameter mikrobilogis. bakteri indikator fekal dianalisis dengan menggunakan parameter penyaringan, sedangkan keberadaan bakteri patogen diperiksa dengan pertumbuhan pada medium selektif. Penelitian dilakukan sebanyak 4 kali dalam kurun waktu 2 tahun (2003-2004) mewakili musim peralihan I (musim barat ke musim timur) dan perlihan II (musim timur ke musim barat). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pencemaran limbah domestik di perairan muara Cisadane sudah mencapai 2 mil ataupun sedimen. kepadatan tertingi fekal koli teramati bulan Juni 2003 (rata-rata geometris= 24 upk (unit pembentukan koloni)/100ml) sedangkan kepadatan total kolinya teramati bulan Oktober 2004 (rata-rata geometris= 981 upk/100ml). bagian paling tercemar dari Muara Cisadane adalah bagian tengah (mulut sungai) dan perairan yang berjarak 0-1mil dari pantai. Bakteri total koli dan fekal dapat digunakan untuk mendeteksi periodik, perbaikan pemanfaatan lahan dan penyadaran masyarakat tentang sanitasi di wilayah sungai diperlukan untuk memelihara kesehatan masyarakat dan lingkungan pesisir perairan ini.