Pemanfaatan alam dilakukan oleh masyarakat prasejarah dalam rangka mendukung kelangsungan hidup mereka. Gua dan ceruk dimanfaatkan oleh manusia masa lampau sebagai tempat tinggal, penguburan, dan sebagai tempat untuk kegiatan religi. Sisa-sisa kehidupan manusia masa prasejarah terdapat pula di Kalimantan Timur. Hal ini terlihat dari adanya tinggalan arkeologis yang terdapat pada beberapa gua clan ceruk di Kalimantan Timur. Pada tulisan ini dibahas sekitar 31 buah gua dan ceruk yang terdapat di Kalimantan Timur. Tinggalan arkeologis tersebut di antaranya fragmen tulang manusia dan hewan, fragmen tembikar, moluska, alat batu, peti mati yang terbuat dari kayu (lungun), dan gambar cadas. Dari asosiasi tinggalan arkeologis dengan gua dan ceruk di Kalimantan Timur dapat dilihat adanya indikasi pemanfaatan gua dan ceruk yang difungsikan sebagai tempat hunian, penguburan, dan sarana untuk melakukan kegiatan religi. Pemanfaatan gua dan ceruk tersebut ada pula yang digabungkan, yaitu sebagai tempat hunian dan penguburan, maupun sebagai tempat hunian dan religi. Gua dan ceruk yang di pilih sebagai tempat hunian umumnya dekat dengan sumber air. Temuan moluska di beberapa gua dan ceruk di Kalimantan Timur menunjukkan indikasi pemanfaatan moluska sebagai sumber makanan, alat bantu, dan perhiasan. Adanya temuan moluska air laut menunjukkan telah adanya interaksi masyarakat pedalaman dengan masyarakat yang tinggal di daerah pesisir. Temuan fragmen tembikar menunjukkan bahwa masyarakat saat itu memiliki waktu luang yang dimanfaatkan untuk membuat tembikar. Temuan fragmen tembikar dengan temper berbahan sekat memperlihatkan terjadinya interaksi antara masyarakat pemburu dan pengumpul makanan dengan masyarakat yang telah mengenal pertanian. Tembikar dipergunakan sebagai wadah untuk kehidupan sehari_-hari dan juga sebagai wadah kubur. Hal ini terlihat dari asosiasi (fragmen tembikar dengan fragmen tulang manusia di beberapa gua dan ceruk di Kalimantan Timur. Pembuatan tembikar hingga kini masih dapat di temui di masyarakat pedalaman Kalimantan Timur. Gambar cadas yang terdapat pada beberapa gua dan ceruk di Kalimantan Timur memperlihatkan bahwa masyarakat saat itu sudah mulai mengekspresikan apa yang mereka lihat sehari-hari ke dalam bentuk visual. Motif yang dominan ialah cap tangan, sedangkan warna yang dominan digunakan ialah merah. Melihat dari tingkat kesulitan dalam pencapaian gua dan ceruk serta pemilihan dinding untuk penerapan gambar cadas, nampaknya gambar tersebut dibuat berkaitan dengan unsur religi. Masyarakat saat itu membuat gambar-gambar tersebut sebagai pengharapan dalam melakukan perburuan kelak akan mendapatkan hasil yang baik. Pengharapan tersebut diwakilkan dengan menggambarkan hewan-hewan buruan mereka dalam keadaan terluka. Konsep ini disebut konsep kontak magis atau sympathetic magic. Namun bentuk aktivitas religi yang dilakukan belum dapat diketahui secara pasti. Sejumlah artefak batu memperlihatkan pemanfaatan sumber Jaya alam sebagai aiat bantu dalam kehidupan masyarakat saat itu. Tinggalan arkeologis berupa peti mati yang terbuat dari kayu (lungun) memperlihatkan keberlanjutan pemanfaatan gua dari masyarakat berburu dan mengumpulkan makanan ke masyarakat selanjutnya.