Hiasan pada Masdjid Agung Banyumas didominasi bentuk floral dan geometris. Berdasarkan kemiripannya dengan hiasan-hiasan lain juga dapat disimpulkan bahwa ada banyak hiasan pada Mesdjid ini yang tidak jauh berbeda dengan motif pada kain batik yang berkembang di Jawa termasuk Banyumas. Selain itu juga terdapat kemiripan-kemiripan yang ada pada benda-benda atau bangunan lain dari kebudayaan yang berbeda. Selain itu dapat pula dikemukan bahwa Mesdjid Agung Banyumas juga menggunakan hiasa-hiasan bersifat simbolis yang berkembang pada masa Hindu Buddha seperti adanya motif Hiranyagarbba yang tampak di atas pintu Mihrab Masdjid Agung Banyumas, kemungkinan adanya terkaitan antara hiasan di Mesdjid Agung Banyumas dengan hiasa-hiasan lain dari kebudayaan yang berbeda.