Konfrontasi antara Indonesia dengan Malaysia yang terjadi pada tahun 60-an cukup mendapat perhatian dunia. Konflik ini terjadi karena Indonesia menentang rencana pembentukan Federasi Malaysia yang akan terdiri dari Federasi Malaya, Sabah, Sarawak, Singapura dan Brunei. Alasannya, karena Indonesia menganggap bahwa negara ini didirikan untuk melindungi kepentingan Inggris di Asia Tenggara. Dalam perkembangannya kemudian, telah ditempuh satu upaya penyelesaian berupa perundingan-perundingan antara kedua negera. Namun upaya ini gagal dan konfrontasi makin meruncing dengan diproklamirkannya negara baru ini pada 16 September 1963. Usaha perdamaian yang ditempuh kemudian gagal pula karena ketidak_sepakatan kedua belah pihak. Dapat dikatakan, setelah KTT Tokyo 1964, usaha untuk berdamai terhenti sama sekali. Sementara itu, dari dalam negeri muncul kelompok-kelompok yang tidak menginginkan konfrontasi terus dilanjutkan. Mereka berhasil mengadakan kontak satu sama lain untuk merundingkan upaya perdamaian. Dari pihak Indonesia, inisiatif ini diambil oleh pihak ABRI. Tapi, konfrontasi tidak bisa diselesaikan hanya dengan tindakan-tindakan yang diambil oleh ABRI. Penyelesaian konfrontasi membutuhkan sesuatu yang membuatnya kelihatan legal di mata hukum Internasional. Pada tahap inilah, Departemen Luar Negeri dibutuhkan. Deplu dan militer bekerjasama agar tujuan penyelesaian konfrontasi dapat tercapai. pihak militer membutuhkan Deplu sebagai wakil resmi pemerintah yang menangani urusan luar negeri dan sebaliknya, pihak Deplu membutuhkan pihak militer karena merekalah yang lebih mengenal situasi.