Dalam hal hubungan antara RI dan Malaysia, telah terjadi kegoncangan yang terkenal dengan sebutan konfrontasi (1963-1966), yang berkaitan erat dengan pembentukan Federasi Malaysia. Konfrontasi tersebut bukan saja gencar di bidang politik, api bersangkutan pula dibidang ekonomi dan militer. Di bidang ekonomi, konfrontasi direalisasikan dalam 4 bentuk yang bersifat tegas, nyata dan didasarkan pada strategi dengan dimulai dari pengambilalihan beberapa perusahaan Inggris dan Malaysia oleh demonstran atau buruh-buruh yang terpengaruh PKI, kemudiannya diambilalih oleh pemerintah RI. Saat paling mengemuka terjadi setelah keluarnya Surat Perintah KOTOE tahun 1963, yang berisi pemutusan hubungan ekonomi/perdagangan dengan Malaysia.