Hubungan Indonesia-Australia pada periode 1959-1968 memi_liki corak hubungan yang berbeda dengan masa sebelum dan sesudah_nya. Kekhasan periode ini terletak pada adanya pertentangan ideo_logis antara Pemerintah Demokrasi Terpimpin Indonesia (1959-1965) yang pro-komunis dengan Pemerintah Liberal Konservatif Australia (1949-1971) yang dipengaruhi oleh orientasi ideologis yang antiko_munis. Perbedaan ideologi itu menyebabkan dalam politik luar negeri, kedua negara pada era Perang Dingin menempuh jalan yang berlainan; Australia bergabung dengan Blok Barat dengan Contain_ment Policy-nya, sementara Indonesia menerapkan Politic, Non-Blok dengan kecenderungan beraliansi dengan MC. Hal ini menyebabkan mendinginnya hubungan Indonesia-Australia' sehingga dapat dikatakan bahwa periode ini menandai titik terburuk dalam hubungan bilateral kedua negara sepaniang sejarahnya. Pertentangan ideologi antara kedua negara yang bertetangga secara geografis ini dapat terlihat dari adanya dua kasus yang mewarnai corak hubungan kedua negara yaitu masalah Irian Barat (1959-1962) dan msalah Konfrontasi Malaysia (1963-1966). Pemerintah Australia memandang bahwa wilayah Irian Barat memiliki anti penting bagi pertahanan Australia karena wilayah tersebut berbatasan dengan Irian Timur (Papua dan New Guinea) yang diperintah oleh Australia. Di mata Australia, pengambil alihan Irian Barat ke tangan Indonesia merupakan suatu bahaya mengingat perkembangan kekuatan komunis di Indonesia dan meningkatnya kekua_tan militer Indonesia atas bantuan militer negara-negara Blok Timur. Dikhawatirkan Indonesia yang komunis, khususnya Irian Barat akan menjadi basis agresi gerakan komunis internasional terhadap wilayah Australia. Namun dalam permasalahan Irian Barat Pemerin_tah Australia cenderung untuk tidak bersikap konfrontatif dengan Indonesia meskipun dibalik layar ternyata mempersiapkan diri dari segi militer untuk menghadapi kemungkinan intervensi militer Indonesia. Realisasi kebijaksanaan antikomunis Australia dalam masalah Konfrontasi Malaysia lebih tegas karena peranan PKI yang makin menguat di Indonesia dan kecenderungan kesejajaran politik luar negeri Indonesia dengan RRC yang berpuncak dengan pembentukan Poros Jakarta-Peking meningkatkan kecemasan Australia terhadap prospek Indonesia menjadi suatu negara komunis. Akibatnya Austra_lia bersikap lebih tegas secara militer dan terlibat dalam unde_clared war dengan Indonesia. Peristiwa G-30 SIPKI beserta reaksi-reaksi terhadapnya memba_wa perubahan besar dalam konstelasi politik Indonesia. Lahirnya Pemerintah Orde Baru yang berorientasi ideologis antikomunis menimbulkan kesejajaran dengan ideologi pemerintah Liberal Konser_vatif Austalia, sehingga dengan demikian dimulailah lembaran baru dalam membina hubungan baik di antara kedua negara.