Penelitian mengenai kepercayaan dan organisasi sosial kakure kirishitan dilakukan melalui penelitian kepustakaan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memahami bentuk kepercayaan kakure kirishitan sebagai dasar untuk dapat memahami perilaku orang Jepang dalam kehidupan beragamanya. Selain itu penelitian juga dimaksudkan untuk mengetahui bentuk organisasi sosial kakure kirishitan yang menjadi faktor penunjang keberadaan kakure kirishitan sampai sekarang ini. Pengumpulan data dilakukan terutama dengan menelaah dan mendeskripsikan buku Kakure Kirishitan karya Furuno Kiyoto yang mengemukakan suatu argumentasi mengenai kepercayaan kakure kirishitan. Di samping itu data-data juga dikumpulkan dari berbagai buku yang berkaitan dengan sejarah Kristen di Jepang. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kepercayaan yang dianut oleh kakure kirishitan adalah kepercayaan yang sifatnya sinkretis yaitu bentuk percampuran yang kompleks antara agama Katolik, agama Budha, Shinto, dan kepercayaan rakyat. Organisasi sosial kakure kirishitan dengan susunan omizuyaku-obanyaku mideshi keluarga berhasil mempertahankan kepercayaan kakure kirishitan sejak masa pelarangan agama Kristen sampai sekarang ini.