Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi umum koleksi perpustakaan pesantren dan kesulitan-kesulitan yang dihadapi dalam pembinaan koleksi. Adapun manfaat dari penelitian ini adalah sebagai sarana evaluasi bagi perpustakaan terutama mengenai koleksi. Penelitian ini merupakan penelitian yang bersifat deskriptif-kualitatif. Sedangkan data dikumpulkan melalui wawancara, data tertulis dan pengamatan. Untuk pengolahan data digunakan teknik komparasi. Dari hasil penelitian, diketahui bahwa ternyata baik perpustakaan Darunnajah maupun Assyafi'iyah, kondisi koleksi perpustakaannya masih jauh dari yang dianjurkan dalam standar yang ditetapkan oleh Perpustakaan Nasional dan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Secara umum perpustakaan Darunnajah sedikit lebih baik dari perpustakaan Assyafi'iyah baik dari segi jumlah koleksi maupun segi pengelolaannya. Mengenai keseimbangan koleksi, perbandingan koleksi fiksi dan non-fiksi dari kedua perpustakaan masih belum seimbang. Sementara dari segi pengadaan, kedua perpustakaan masih lebih banyak mengandalkan pada sumbangan. Hal ini sebetulnya tidak menjadi masalah asal perpustakaan menetapkan suatu kebijakan mengenai koleksi sumbangan hingga tidak terjadi duplikasi yang berlebihan. Kebijakan yang ditetapkan perpustakaan Darunnajah untuk buku-buku sumbangan sudah cukup baik. Masalah pembinaan koleksi adalah hal penting. Karena itu harus mendapat dukungan dan perhatian yang lebih serius dari semua pihak yang terlibat. Usaha dari pihak perpustakaan saja tidak cukup maka kerja sama dengan semua pihak yang terlibat sangat diperlukan.