Terumbu karang merupakan ekosistem khas di daerahtropika yang memiliki berbagai fungsi untuk biota yanghidup di dalamnya. Namun, terumbu karang sangat pekaterhadap perubahan lingkungan yang terjadi. Penelitianstruktur komunitas karang batu yang meliputi persentasetutupan karang batu, komposisi koloni menurut bentuknya,dan keanekaan jenis telah dilakukan untuk mengetahuiperbedaan struktur komunitas karang batu di Pulau Rambut(dekat dengan Jakarta) dan Pulau Pari (jauh dari Jakarta).Penelitian dilakukan dengan netode line intercept transectyaitu metode standar yang disepakati ASEAN-AUSTRALIA dalamkegiatan penelitian terumbu karang. Data penelitian dikumpulkandari kedalaman 1 m, 3m, dan 5 m di sisi utara dansisi selatan masing-masing pulau. Terdapat perbedaanpersentase tutupan karang batu di masing-masing pulau.Bentuk koloni massive mendominasi Pulau Rambut, sedangkanbentuk koloni branching mendominasi Pulau Pari.Sejumlah 8 marga karang batu ditemukan di Pulau Rambut, 14marga di sisi selatan Pulau Pari, dan 19 marga di sisiutara Pulau Pari. Perbedaan lokasi Pulau Rambut dan PulauPari menunjukkan perbedaan struktur komunitas karang batu.