Telah dilakukan penelitian tentang struktur komunitas ikan di Sungai Kluet, Kabupaten Aceh Selatan, Propinsi Nanggroe Aceh Darussalam pada bulan Juli 2006. Penelitian bersifat deskriptif analitik dan bertujuan untuk mengetahui karakteristik komunitas ikan sebagai penanda kesehatan sungai melalui nilai IBI (Index of Biological Integrity). IBI merupakan gabungan dari 12 metrik yang dapat dikelompokkan menjadi tiga yaitu kekayaan dan komposisi jenis, komposisi trofik, serta kelimpahan dan kodisi ikan. Tempat pengambilan sampel ikan terdiri dari enam stasiun, masing-masing dilakukan di zona hulu (Stasiun 1 dan 2), zona tengah (Stasiun 3 dan 4), dan zona hilir (Stasiun 5 dan 6) dengan menggunakan berbagai macam alat tangkap seperti jala lempar, seine net, dan serok. Spesimen ikan yang diperoleh terdiri dari 27 jenis yang termasuk ke dalam 14 suku. Cyprinidae merupakan suku dengan jenis terbanyak (10 jenis). Zona hulu dengan kondisi lingkungan yang tidak banyak dipengaruhi oleh aktivitas manusia memiliki kekayaan jenis tertinggi (17 jenis) dan terendah dimiliki oleh zona tengah (12 jenis). Berdasarkan nilai IBI, kesehatan Sungai Kluet secara umum masih baik, hanya pada zona tengah yang berada dalam kondisi buruk.