Virus chikungunya (CHIKV) telah diketahui menginfeksi manusia dan
menyebabkan penyakit di Indonesia sejak tahun 1982. Karakterisasi genetik
yang berkelanjutan sangat diperlukan untuk membantu pengembangan
upaya penanggulangan infeksi CHIKV di Indonesia. Penelitian dilakukan
terhadap 14 isolat CHIKV hasil isolasi Viral Disease Program, US NAMRU-2,
dalam tahun 2000--2005 dari Yogyakarta, Jember, Manado, Bandung, dan
Jakarta dengan tujuan mengkarakterisasi genetik dan menggolongkan
genotipe berdasarkan sekuens sebagian gen envelope-1 (E1) sepanjang
260 nt dan gen envelope-2 (E2) sepanjang 220 nt. Sekuens kedua gen
diperoleh melalui amplifikasi menggunakan empat primer (JMCL5, JMCR5,
JMCL6, dan JMCR7) dan metode direct sequencing menggunakan
automated DNA sequencer. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik dengan
metode neighbor-joining pada kedua wilayah gen menunjukkan seluruh isolat
Indonesia berada dalam clade genotipe Asia. Seluruh isolat Indonesia
terkelompok dalam cluster yang monofiletik, mengindikasikan adanya
karakter spesifik. Tingkat kesamaan sekuens di antara isolat-isolat Indonesia
bernilai lebih besar pada wilayah gen E1 (98,8--100%) daripada wilayah
gen E2 (97,7--100%). Hasil alignment dengan strain vaksin, strain Nagpur,
strain S27, dan strain 37997 menunjukkan terjadinya delapan substitusi
nukleotida pada masing-masing wilayah gen E1 dan gen E2 isolat-isolat
Indonesia dengan tiga di antaranya mengakibatkan perubahan asam amino
iv
(E1-F81L, E2-T92M, dan E2-T116I). Karakter-karakter molekular yang unik
tersebut menunjukkan adanya potensi evolusi mikro CHIKV di Indonesia.
S31443-Fredrik.pdf :: Unduh