Untuk mengetahui hubungan antara Indeks Keanekaan alga perifitik dengan Indeks Kualitas Air Sungai Krukut- Banjir Kanal dan Sunter yang digunakan sebagai sumber air baku PDAM (Perusahaan Daerah Air Minum) DKI Jakarta, telah dilakukan penelitian komunitas alga perifitik yang hidup di kedua sungai tersebut dengan metode substrat buatan. Dari 3 stasiun di Sungai Krukut-Banjir Kanal ditemukan 31 jenis alga perifitik, dan dari 3 stasiun di Sungai Sunter ditemukan 24 jenis alga perifitik. Jenisjenis alga perifitik dari kelas Baci1lariophyceae (diatom) merupakan yang terbanyak ditemukan baik di Sungai Krukut- Banjir Kanal maupun di Sungai Sunter. Berdasarkan Indeks, Keanekaan alga perifitik diketahui bahwa air Sungai Krukut-Banjir Kanal di stasiun Cinere tercemar sedang, sedangkan di stasiun Cilandak dan Muara Angke tidak tercemar. Tingkat pencemaran di Sungai Sunter adalah sebagai berikut: di stasiun Sukatani tidak tercemar, sedangkan di stasiun Pule Gadung dan Lagoa tercemar sedang. Berdasarkan Indeks Kualitas Air (NSF WQI) diketahui bahwa kualitas air Sungai Krukut-Banjir Kanal adalah sebagai berikut: di stasiun Cinere termasuk sedang, sedangkan di stasiun Cilandak dan Muara Angke termasuk baik. Kualitas air Sungai Sunter di stasiun Sukatani termasuk baik, sedangkan di stasiun Pule Gadung dan Lagoa termasuk sedang Dari uji korelasi jenjang Spearman diperolah kesimpulan bahwa ada korelasi positif antara Indeks Keanekaan alga perifitik dengan Indeks Kualitas Air di Sungai Krukut-Banjir Kanal dan Sunter. Dengan demikian, Indeks Keanekaan alga perifitik dapat digunakan untuk mengevaluasi kualitas air.