Diagnosis infeksi avian influenza virus (AIV) subtipe H5N1 dengan
teknik RT PCR dapat menghasilkan spesifisitas hingga 90%. Kendala yang
dihadapi dalam implementasi teknik tersebut yaitu keterbatasan spesimen
pasien maupun partikel virus hasil teknik kultur yang digunakan sebagai
kontrol positif. Produksi RNA sintetik menggunakan teknik transkripsi in vitro
memberikan suatu solusi untuk mengatasi masalah tersebut. Penelitian
dilakukan di laboratorium Institute of Human Virus and Cancer Biology of
University of Indonesia (IHVCB-UI) selama 8 bulan (Januari--Agustus 2008).
Tujuan penelitian mengkonstruksi vektor pBluescript KS (+/-) rekombinan
pembawa fragmen 140 pb gen hemaglutinin (h5) AIV sehingga dapat
digunakan sebagai pola cetak transkripsi in vitro. Sumber gen diperoleh dari
hasil RT PCR RNA AIV A subtipe H5N1 tahun isolat 2006. Fragmen HA (140
bp) kemudian diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan cetakan cDNA
tersebut. Produk hasil PCR kemudian diligasi secara blunt end pada
pBluescript KS (+/-) yang memiliki promotor T7 RNA polimerase. Identitas
DNA sisipan dan orientasi dianalisis dengan teknik hot star PCR. Fragmen
RNA sintetik telah diproduksi dengan transkripsi in vitro menggunakan
cetakan pBluescript II KS (+/-) rekombinan hasil konstruksi. Molekul DNA
cetakan kemudian dihilangkan dengan DNase free RNase dan produk RNA
sintetik diverifikasi dengan teknik RT PCR dan hot star PCR untuk deteksi
DNA dan RNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa vektor pBluescript KS
Konstruksi vektor..., Aditya Perkasa, FMIPA UI, 2008
iv
(+/-) rekombinan pembawa fragmen 140 pb gen h5 AIV telah berhasil
disisipkan dalam orientasi yang diharapkan untuk transkripsi in vitro untai
RNA sintetik dengan T7 RNA polimerase.
S31482-Aditya Perkasa.pdf :: Unduh