Pengambilan data penelitian tentang perbandingan struktur komunitaskarang batu di lereng terumbu Pulau Pramuka dan Pulau Penjaliran Timur,Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (TNLKS) telah dilakukan pada bulanJuni 2008. Penentuan stasiun penelitian dilakukan dengan cara haphazardselection. Penentuan jumlah unit kuadrat minimum di kedua lokasi penelitiandilakukan dengan menggunakan metode sampling dua tahap. Pengambilan datakarang batu dengan menggunakan metode visual quadrat. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa jumlah marga karang batu yang ditemukan di P. Pramukasebanyak 14 marga yang termasuk ke dalam 7 famili, sedangkan 20 marga yangtermasuk 10 famili terdapat di P. Penjaliran Timur. Acropora adalah karang batuutama penyusun ekosistem terumbu karang di P. Pramuka dan P. PenjaliranTimur karena memiliki Indeks Nilai Penting (INP) tertinggi, yaitu sebesar 86, 10%dan 58, 63%. Indeks keanekaragaman, kemerataan, dan dominansi margakarang batu di P. Pramuka dan P. Penjaliran Timur berturut-turut adalah1,93;0,73; dan 0,18, sedangkan di P. Penjaliran Timur sebesar 2,14; 0,71; dan 0,26.Tingkat kesamaan marga karang batu di P. Pramuka dan P. Penjaliran Timur,yaitu 75%.