Pengambilan data penelitian tentang perbandingan struktur komunitas karang batu di lereng terumbu Pulau Pramuka dan Pulau Penjaliran Timur, Taman Nasional Laut Kepulauan Seribu (TNLKS) telah dilakukan pada bulan Juni 2008. Penentuan stasiun penelitian dilakukan dengan cara haphazard selection. Penentuan jumlah unit kuadrat minimum di kedua lokasi penelitian dilakukan dengan menggunakan metode sampling dua tahap. Pengambilan data karang batu dengan menggunakan metode visual quadrat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah marga karang batu yang ditemukan di P. Pramuka sebanyak 14 marga yang termasuk ke dalam 7 famili, sedangkan 20 marga yang termasuk 10 famili terdapat di P. Penjaliran Timur. Acropora adalah karang batu utama penyusun ekosistem terumbu karang di P. Pramuka dan P. Penjaliran Timur karena memiliki Indeks Nilai Penting (INP) tertinggi, yaitu sebesar 86, 10% dan 58, 63%. Indeks keanekaragaman, kemerataan, dan dominansi marga karang batu di P. Pramuka dan P. Penjaliran Timur berturut-turut adalah1,93; 0,73; dan 0,18, sedangkan di P. Penjaliran Timur sebesar 2,14; 0,71; dan 0,26. Tingkat kesamaan marga karang batu di P. Pramuka dan P. Penjaliran Timur, yaitu 75%.