Penelitian mengenai keanekaragaman jenis Cyanobacteria di Perairan Situ Agathis, Kenanga, dan Ulin-Salam Universitas Indonesia pada bulan Juni--Agustus 2006 dan Juni--Agustus 2007 (musim kemarau) telah dilakukan. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk memperoleh data mengenai jenis-jenis Cyanobacteria dan mengetahui keanekaragaman jenisnya. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara melempar plankton net sejauh 5 m dan ditarik secara horizontal. Penelitian ini menggunakan data parameter lingkungan, yaitu suhu, pH, intensitas cahaya matahari, konduktivitas, kecerahan, cuaca, DO, total nitrogen dan fosfat. Sampel jenis Cyanobacteria dan marga fitoplankton lain dianalisis dengan cara mengidentifikasi komposisi pada sampel awetan dengan menggunakan metode subsampel. Jumlah jenis Cyanobacteria yang didapat, kemudian dianalisis menggunakan persamaan indeks keanekaragaman Shannon- Weiner. Cyanobacteria yang ditemukan terdiri dari Bangsa Chroococcales dan Oscillatoriales. Rerata indeks keanekaragaman jenis Cyanobacteria di Situ Agathis, Kenanga, dan Ulin-Salam pada bulan Juni--Agustus 2006 masing-masing sebesar 0,99; 0,9; dan 1,06, sedangkan pada 2007 sebesar 0,6; 0,9; dan 1,07.