Penelitian mengenai struktur komunitas diatom di Perairan Teluk Jakarta telah dilakukan pada bulan Mei dan Juli tahun 2010. Penelitian bertujuan untuk mengetahui hubungan antara struktur komunitas diatom dengan parameter lingkungan. Sampel diambil secara horizontal pada 10 stasiun di Teluk Jakarta. Hasil identifikasi sampel fitoplankton diperoleh 31 marga diatom di perairan Teluk Jakarta. Kepadatan diatom di perairan Teluk Jakarta pada bulan Mei berkisar antara 1.426.896--60.100.560 sel/m3 sedangkan pada bulan Juli kepadatan berkisar antara 76.720--180.017.423 sel/m3. Perairan di Teluk Jakarta pada bulan Mei dan Juli didominansi oleh Skeletonema dan Chaetoceros. Berdasarkan data lingkungan, perairan Teluk Jakarta memiliki kondisi lingkungan yang sesuai untuk pertumbuhan optimal diatom. Berdasarkan analisis multivariat, parameter lingkungan memiliki pengaruh pada bulan Mei dan tidak berpengaruh pada bulan Juli.