Penelitian mengenai struktur komunitas dinoflagellata di perairan Teluk Jakarta telah dilakukan pada bulan Mei dan Juli 2010. Sampel diambil secara horizontal dari 10 stasiun di perairan Teluk Jakarta. Berdasarkan hasil identifikasi dan pencacahan sampel diperoleh 8 marga dinoflagellata pada bulan Mei 2010 dan 9 marga dinoflagellata pada bulan Juli 2010. Kepadatan dinoflagellata di perairan Teluk Jakarta pada bulan Mei 2010 bekisar antara 12.949--130.540 sel/m3. Kepadatan dinoflagellata di perairan Teluk Jakarta pada bulan Juli 2010 berkisar antara 40.782--238.960 sel/m3. Perairan Teluk Jakarta pada bulan Mei dan Juli didominasi oleh marga Ceratium. Indeks keanekaragaman dan kemerataan pada bulan Mei lebih tinggi dan lebih merata dibandingkan pada bulan Juli 2010, sedangkan indeks kekayaan pada bulan Juli lebih tinggi dibandingkan pada bulan Mei 2010. Berdasarkan analisis multivariat, faktor-faktor lingkungan memiliki pengaruh terhadap kelimpahan dinoflagellata namun dengan signifikansi yang sangat kecil.