Penelitian mengenai kandungan logam berat Seng (Zn) dan Kromium (Cr) pada sedimen dan Mollusca kaitannya dengan struktur komunitas Mollusca di lima muara sungai Teluk Jakarta telah dilakukan pada bulan Maret dan April 2010. Sampel sedimen dan Mollusca diambil menggunakan Petersen grab bersamaan dengan pengukuran faktor lingkungan perairan. Sampel Mollusca diidentifikasi, serta dihitung indeks keanekaragaman, kemerataan, dominasi, dan kesamaan jenis antar muara. Kandungan logam Seng (Zn) dan Kromium (Cr) pada sampel dianalisis dengan menggunakan AAS serta diperiksa korelasi antara kandunganlogam Seng (Zn) dan Kromium (Cr) pada sedimen dengan nilai indeks keanekaragaman, dan korelasi antara kandungan Seng (Zn) dan Kromium (Cr) pada sedimen dengan kandungan logam Seng (Zn) dan Kromium (Cr) pada Mollusca. Hasil penelitian menunjukan bahwa Mollusca yang ditemukan ada 25 spesies, 20 diantaranya adalah Bivalvia dan 5 lainnya yaitu Gastropoda. Nilai indeks keanekaragaman tertinggi terdapat di Muara Tiram yaitu sebesar 2,23 sedangkan terendah terdapat pada Muara Sunda Kelapa yaitu sebesar 0,06. Berdasarkan analisis jenjang Spearman, tidak terdapat korelasi antara kandungan Zn dan Cr pada Mollusca dengan kandungan Zn dan Cr pada sedimen, dan juga antara kandungan logam Zn dan Cr pada Mollusca dengan indeks keanekaragaman jenis Mollusca.