Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkan
olen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi.
Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1
tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dan
kasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasi
yang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza.
Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakan
metode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasi
yang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site,
sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan pada
seluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkong
pada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1,
H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1
mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifik
pada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1),
A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/Brevig
Mission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipe
H1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukan
posisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebut
Sekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baik
oleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalan
epitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidak
mempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier protein
secara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal ini
terlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukan
superimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi
