Naskah Babad Prambanan ini sangat mirip dengan versi naskah FSUI/LS.3, yaitu pupuh 1-58 dalam kedua naskah ini sama. Namun pupuh 59-63 menunjukkan beberapa perbedaan. Lihat deskripsi naskah tersebut untuk keterangan selanjutnya. Naskah disalin oleh Wirsungun, di wilayah Mangkunagaran, pada tahun 1885, atas prakarsa B.R.Ng. Wiryatani. Setiap pergantian pupuh diawali dengan tanda berhias (rubrikasi), kadang dengan pensil berwarna. Menurut keterangan pada h.v, naskah ini didapat Pigeaud dari Sastrapandawa, di Yogyakarta, pada tanggal 19 Juli 1939 Daftar pupuh: (1) asmarandana; (2) sinom; (3) pangkur; (4) pucung; (5) durma; (6) kinanthi; (7) sinom; (8) mijil; (9) asmarandana; (10) dhandhanggula; (11) pangkur; (12) mijil; (13) pucung; (14) asmarandana; (15) megatruh; (16) durma; (17) kinanthi; (18) pangkur; (19) asmarandana; (20) dhandhanggula; (21) pucung; (22) sinom; (23) gambuh; (24) durma; (25) mijil; (26) megatruh; (27) asmarandana; (28) pangkur; (29) durma; (30) dhandhanggula; (31) pucung; (32) asmarandana; (33) jurudemung; (34) megatruh; (35) sinom; (36) kinanthi; (37) pucung; (38) dhandhanggula; (39) gambuh; (40) durma; (41) kinanthi; (42) asmarandana; (43) sinom; (44) megatruh; (45) pucung; (46) kinanthi; (47) gambuh; (48) dhandhanggula; (49) pangkur; (50) durma; (51) asmarandana; (52) dhandhanggula; (53) sinom; (54) maskumambang; (55) mijil; (56) asmarandana; (57) pucung; (58) gambuh; (59) megatruh; (60) jurudemung; (61) pangkur; (62) asmarandana; (63) pangkur.