Warga Kedung Ombo telah mengangkat masalah perbuatan melawan hukum oleh penguasa dengan mengajukan gugatan terhadap pemerintah Daerah Jawa Tengah dan Pimpinan Proyek Pembangunan Waduk Kedung Ombo. Timbul anggapan bahwa jika masyarakat mengajukan gugatan terhadap pemerintah maka hal ini akan sia-sia saja. Dalam kasus ini memang hal ini banyak terbukti walaupun pada peradilan tingkat kasasi rakyat dimenangkan dan pemerintah dinyatakan telah melakukan perbuatan melawan hukum serta harus membayar ganti kerugian, yang kemudian putusan itu dibatalkan dengan keluarnya putusan peninjauan kembali. Walaupun demikian putusan kasasi tersebut merupakan peringatan bagi pemerintah untuk bertindak lebih arif dan bijaksana didalam menangani kasus - kasus yang menghadapkan pemerintah dengan rakyat dan juga membuka mata kita bersama bahwa lembaga peradilan tertinggi tidak dipengaruhi oleh pemerintah. Hal penting yang dapat diambil dari kasus ini ialah bahwa rakyat tidak perlu takut untuk menghadapai pemerintah dalam berperkara karena hukum berpihak pada yang benar.