Muhammad Yamin sebagai seorang pemikir, pada masa revolusi telah mengeluarkan pemikiran-pemikiran yang sangat unik. Terutama jika dikaitkan dengan kondisi pada waktu itu, dimana ikatan kebangsaan diantara elemen perjuangan harus disatukan untuk melawan penjajah. Untuk mewujudkan ide-ide persatuan Indonesia, Muhammad Yamin cenderung membangun mitos-mitos integratif, dengan menggunakan simbul-simbul tertentu. Diantaranya dia pernah mengatakan bahwa bendera merah putih telah digunakan oleh bangsa Indonesia sejak 6000 tahun yang lalu. Selain itu pernyataannya bahwa kemerdekaan Indonesia yang diproklamasikan pada 17 Agustus 1945 merupakan imperium ketiga setelah kerajaan Sriwijaya dan Majapahit. Ketika menjabat sebagai Menteri Kehakiman, Muhammad Yamin pernah membebaskan tahanan politik hampir 1000 orang suatu hal yang kontroversial pada waktu itu. Selain itu, is dianggap memalsukan isi dari pidatonya yang diucapkan pada tanggal 29 Mei 1945 dalam sidang BPUPKI, dimana dia tidak pernah mengucapkan pidato tersebut. Diluar kontroversi tindakannya tersebut, pemikiran Yamin sangat kental dengan ide-ide persatuan. Hal ini dapat dilihat dari pemikirannya di bidang budaya, sastra, dasar negara, sejarah dan pendidikan. Bahkan dalam pengembangan idc-idenya, terutama pelajaran sejarah yang berlaku sampai saat ini, masih merupakan kelanjutan dari ide-ide pengembangan sejarah yang dikembangkan oleh Yamin melalui perguruan tinggi yang didirikan, ketika menjabat sebagai Menteri Pengajaran Pendidikan dan Kebudayaan seperti PTPG Bandung, PTPG Padang dan PTPG Malang, yang kemudian dilanjutkan oleh rmurid-rnuridnya. Ide-ide Yamin ini, sampai sekarang masih terus bergulir dan selalu mendapat kritik dari para sejarawan, namun kritik yang dilontarkan masih bersifat provokatif belaka dan belum mampu mengubah pola pikir masyarakat Indonesia tentang sejarah Indonesia.