Hubungan antara franchisor dan franchisée dalam perjanjian franchise ditandai adanya ketidakseimbangan kekuatan tawar menawar. Perjanjian franchise umumnya merupakan perjanjian baku yang dibuat dan ditawarkan oleh franchisor kepada franchisée. Isinya perjanjian yang memuat syarat-syarat standar ditentukan secara apriori oleh franchisor, cenderung syarat-syarat tersebut merugikan franchisée, sehingga seringkali menimbulkan konflik antara franchisor dan franchisée dalam menjalani bisnis Franchisée. Oleh karena itu, ada upaya perlindungan hukum terhadap franchisée yang meliputi: 1. perlindungan yang bersifat preventif, dilakukan oleh Pemerintah, yaitu melalui PP Republik Indonesia Nomor 16 Tahun 1997 tentang Waralaba dan SK Menperindag RI Nomor: 259/MPP/Kep/7/1997 tentang Ketentuan dan Tata Cara Pelaksanaan Pendaftaran Usaha Waralaba. Melalui wewenang notaris, dalam hal ini peranan notaris melalui wewenangnya untuk melegalisasi perjanjian franchise yang dibuat dan disiapkan secara a priori oleh franchisor cukup relevan dikemukakan, karena notaris dapat mencegah terjadinya perjanjian baku yang dapat merugikan salah satu pihak. Seyogyanya, pembentuk undang-undang mensyaratkan perjanjian franchise dibuat secara otentik. Oleh Asosiasi Franchise Indonesia (AFI), yaitu melalui kode etik yang wajib dipatuhi oleh setiap anggota AFI. 2. Perlindungan hukum yang bersifat represif, yang bertujuan memulihkan hak-hak dari pihak yang dirugikan, melalui peradilan umum, perdamaian dan arbitrase. Dalam praktek, perdamaian merupakan cara yang selalu ditempuh oleh para pihak dalam menyelesaikan sengketa, karena cara ini sesuai dengan prinsip bisnis franchise sebagai family business.