Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 61 Tahun 1999, pemerintah menetapkan Perguruan Tinggi Negeri yang telah memenuhi kualifikasi tertentu diubah statusnya menjadi badan hukum mandiri yang terlepas dari Departemen Pendidikan Nasional. Melalui Peraturan Pemerintah Nomor 152 Tahun 2000 Universitas Indonesia ditetapkan statusnya sebagai Badan Hukum Milik Negara. Dengan status baru ini, Universitas Indonesia diharapkan dapat mengelola dirinya sebagaimana layaknya suatu badan hukum dengan tetap tidak melupakan fungsi dan tugas dari pemerintah sebagai pemeran utama penyelenggaraan sistem pendidikan tinggi yang berkualitas dalam rangka menghadapi persaingan dalam era globalisasi ini. Salah sate hat yang menarik dari penetapan status Universitas Indonesia sebagai Badan Hukum Milik Negara melalui Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nornor 152 tahun 2000 adalah masalah pendanaan yang berkaitan dengan sifat dari Badan Hukum Milik Negara dengan pembentukan unit usaha. Sifat Universitas Indonesia sebagai suatu institusi pendidikan adalah nirlaba yang bermakna tidak menghasilkari atau mencari keuntungan. Keuntungan dimaksud adalah berasal dari kegiatan operasionalnya sebagai institusi pendidikan. Sementara di sisi lain dengan diperkenankannya pendirian unit usaha, maka Badan Hukum Milik Negara dapat memperoleh keuntungan melalui unit usaha yang dimiliki. Pembahasan berfokus pada status Badan Hukum Milik Negara Universitas Indonesia sebagai badan hukum nirlaba yang mempunyai unit usaha yang menghasilkan laba dalam wacana pengenaan Pajak Penghasilan atas objek pajak penghasilan yang diperoleh dari kegiatan yang bersifat mencari laba dan pemotongan terhadap Pajak Penghasilan yang dilakukan oleh Badan Hukum Milik Negara Universitas Indonesia.