Salah satu permasalahan pengelolaan perbatasan di Indonesia adalah lemahnya koordinasi. Untuk itu penelitian ini akan melihat bagaimana koordinasi pengelolaan batas wilayah negara di Indonesia, dalam hal ini yang dilakukan oleh Badan Nasional Pengelola Perbatasan (BNPP) dengan Kementerian Dalam Negeri (KDN) dan Tiga (3) pemerintah daerah, yaitu Pemerintah Kabupaten Nunukan Provinsi Kalimantan Timur, Pemerintah Kota Batam Provinsi Kepulauan Riau, dan Pemerintah Kabupaten Belu Provinsi Nusa Tenggara Timur.
Untuk menganalisis persoalan koordinasi pengelolaan perbatasan, penulis menggunakan pendekatan positivisme, dengan tipe penelitian deskriptif. Teknik pengumpulan data melalui survey, wawancara, dan studi dokumentasi. Informan yang menjadi narasumber dalam penelitian ini adalah Camat Sebatik Barat Kabupaten Nunukan dan Kasubbag Kerjasama Perbatasan pada Bagian Penataan Perbatasan di Sekretariat Daerah Kabupaten Nunukan Provinsi Kalimantan Timur.
Dari penelitian yang telah penulis lakukan, dapat disimpulkan bahwa terdapat empat (4) faktor penting yang memberikan kontribusi dalam proses koordinasi pengelolaan perbatasan, yaitu kewenangan, komunikasi, kepemimpinan, dan kontrol. Keempat faktor ini saling berkaitan satu sama lain, dan merupakan satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan. Di antara keempat faktor tersebut, faktor kewenangan dan komunikasi belum berjalan dengan baik, sedangkan dua faktor lainnya, kemampuan memimpin dan kontrol telah terlaksana dengan cukup baik.
One of the problems of border management in Indonesia is weak coordination. Therefore this research will look at how the coordination of border management in Indonesia, in this case conducted by the National Board of Border Management (BNPP), Ministry of Home Affairs (KDN), and 3 (three) regional government, that is Nunukan Regency of East Borneo Province, Batam Municipality of the Island of Riau Province, and Belu Regency of Nusa Tenggara Timur Province.To analyze the coordination of border management issues, the authors use the positivism approach, with the type of descriptive study. The technique of collecting data through survey, interviews and documentation study. The informant in this research is District Head of Sebatik Barat of Nunukan Regency and Sub Section Head of Border Cooperation in the Border Management Section in the Secretary of Nunukan Regency of East Borneo Province.From the research, it can be concluded that there are 4 (four) significant factors that give contribution in the process of border management coordination, that is authority, communication, leadership, and control. Four of the factors are related to one another and cannot be separated. From those four factors, authority and communication were still not running well, meanwhile two other factors, the ability to lead and control were performing quite good.