Sejak awal masa Reformasi sampai sekarang kebijakan penataan hubungan kelembagaan di antara Dephan dengan Mabes TNI masih menimbulkan permasalahan yang krusial. Permasalahannya adalah bagaimana menempatkan institusi militer secara obyektif dan proporsional dalam suatu sistem kenegaraan yang demokratis. Demikianlah permasalahan ini menjadi salah satu program utama dalam pelaksanaan kebijakan reformasi sektor pertahanan pada aspek struktural yang dilaksanakan oleh pemerintahan di Indonesia. Oleh karena itu permasalahan yang diteliti dalam penulisan tesis ini adalah bagaimana kebijakan dan upaya reformasi sektor pertahanan aspek struktural yang menyangkut penataan hubungan kelembagaan di antara Dephan (Kemhan) dengan Mabes TNI tersebut telah dilaksanakan selama masa Reformasi ini. Penelitian difokuskan pada kurun waktu yang dilaksanakan sejak awal masa Reformasi tahun 1998 sampai dengan masa pemerintahan Presiden SBY-JK (2004-2009) dan bagaimana alternatif kebijakan penataan selanjutnya ke depan, yang ditinjau dalam perspektif Kebijakan Publik, Demokratisasi, penegakan Supremasi Sipil dalam paradigma hubungan Sipil dan Militer di Indonesia serta dilihat juga dari perspektif Ketahanan Nasional. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan analisa deskriptif analitis. Mengacu kepada kajian teoritis tentang Kebijakan Publik, Demokratisasi, penataan hubungan Sipil-Militer dan penegakan Supremasi Sipil yang kemudian diterapkan di Indonesia, maka dari hasil penelitian dan analisa pembahasan bisa disimpulkan bahwa kebijakan reformasi pertahanan pada aspek struktural yang dilaksanakan melalui upaya penataan hubungan kelembagaan di antara Dephan (sekarang Kemhan) dengan Mabes TNI selama masa Reformasi sampai periode pemerintahan Presiden SBY-JK telah memberikan pemahaman mendasar bagi institusi militer di Indonesia, agar dapat diposisikan secara obyektif dan proporsional sebagai bagian dari suatu sistem kenegaraan yang demokratis. Dengan adanya tuntutan Demokratisasi, penataan hubungan Sipil-Militer dan penegakan Supremasi Sipil yang gencar diwacanakan oleh Civil Society sejak awal masa Reformasi pada kenyataannya oleh pemerintah telah direspon dalam penataan hubungan kelembagaan tersebut melalui proses dan mekanisme politik yang relevan dengan perkembangan sistem hukum dan ketatanegaraan di Indonesia. Sedangkan dalam perspektif Ketahanan Nasional, penataan hubungan kelembagaan ini juga berimplikasi positif terhadap aspek Ideologi, Politik, Ekonomi dan Sosial Budaya bangsa dan negara Indonesia saat ini.

---

Since the beginning of the reform period up to now policies institutional arrangement relationship between Dephan with TNI headquarters still raises a crucial issue. The issues is how to place military institution objectively and proportionately within a democratic state system. So the issue becomes one of the main programs in the implementation of policy reforms on the structural aspects of the defence sector conducted by the Indonesian government. Therefore the main research of this thesis is the problem how policy and efforts of defence sector reform structural aspects related to structuring institutional relationship between the Dephan (Kemhan) with the TNI Headquarters was implemented during this reform period.

Research focused on the problem reforms implemented since the beginning of reform period 1998 to the reign of President SBY-JK (2004-2009). Besides that is how subsequent policy alternative arrangement forward, which is seen in the perspective of democratization, rule of civilian supremacy in civil and military relations paradigm in Indonesia as well as seen also in the perspective of national resilience. This study used qualitative methods with analytical descriptive analysis.

Referring to the theoretical study of Public Policy, The Democratization, The Arrangement of Civil-Military relations and uphold Civilian Supremacy which is then applied in Indonesia, then the results of research and analysis concluded that the discussion of defencce reform policies are implemented through the structural aspects of effort to organize the institutional relationship between the Department of Defence (now Kemhan) with the TNI Headquarters during the period of reform until President SBY-JK government has given fundamental understanding to military institutions in Indonesia. This kind of understanding can be positioned to objectively and proportionately as part of a democratic state system.

The requirements of Democratization, The Arrangement of Civil-Military relations and Civilian Supremacy rule to a vigorous enforcement by civil society discourse since the beginning of reform on the fact the government has responded in structuring the relationship institution through political processes. The mechanisms there are relevant to the legal system and constitutional developments in Indonesia. While the National Relience perspective, the arrangement of these institutional relationships also has a positive impact on aspects of Ideology, Politics, Economics and Social Culture of the nation and the state of Indonesia today.