Dalam pelaksanaannya, proses pemungutan pajak oleh Fiskus tidak selamanya berlangsung mulus, adakalanya proses pemungutan tersebut bergejolak sehingga menimbulkan sengketa antara Fiskus dengan Wajib Pajak. Keberadaan dan kedudukan Pengadilan Pajak dalam Undang-undang adalah untuk melaksanakan kekuasaan kehakiman, melakukan pemeriksaan, dan memutus sengketa pajak bagi Wajib Pajak yang mencari keadilan. Pengadilan Pajak berfungsi sebagai peredam gejolak sekaligus sebagai pengawal proses pemungutan pajak sehingga jumlah penerimaan pajak yang masuk ke kas negara merupakan jumlah yang neto atau jumlah yang bersih dari sengketa. Berdasarkan data yang ada diketahui bahwa Wajib Pajak lebih banyak memenangkan persengketaan pajak di Pengadilan Pajak dibandingkan Fiskus.
Penelitian ini mengkaji tentang penyebab permohonan banding Wajib Pajak dimenangkan di Pengadilan Pajak yang artinya Wajib Pajak memenangkan persengketaan di Pengadilan pajak dan upaya-upaya DJP untuk meminimalisir hal tersebut. Penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan desain deskriptif.
Hasil penelitian menyarankan agar DJP meningkatkan kualitas hasil pemeriksaan dan penelitian keberatannya dengan mengimplementasikan prinsip reward and punishment dimana DJP tidak perlu lagi menggunakan realisasi penerimaan dari hasil pemeriksaan sebagai alat ukur kinerja, DJP melakukan pertemuan rutin secara periodik dengan Pengadilan Pajak sehingga terbentuk kesepahaman yang sama tentang suatu ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan, DJP langsung menggunakan hasil evaluasi Putusan Pengadilan Pajak untuk merevisi suatu peraturan yang dianggap tidak adil dan membuat peraturan terhadap suatu proses bisnis yang belum diatur, dan DJP melakukan pembahasan dengan Pengadilan pajak untuk menciptakan sinergi mengenai penilaian pembuktian.
In practice, the process of tax collection by the tax authorities do not always go smoothly, sometimes the process of collecting is volatile, giving rise to disputes between tax authorities and taxpayers. The existence and position of the Tax Court in the Law is to implement the judicial authorities, conduct, and decide tax disputes for taxpayers who seek justice. Tax court serves as a dampening volatility as well as the guardian of the tax collection process so that the amount of tax revenue coming into the state treasury is the net amount or the amount exclude the dispute. Based on existing data, more taxpayers wins tax dispute in the Tax Court than the tax authorities.This research examine the causes of Taxpayers appeals won in Tax Court which means taxpayers won the dispute in Tax Court and DJP efforts to minimize that. This research is a qualitative research with descriptive design.Result of the research suggest DJP improve the quality of the tax audit or verification result and objection settlement by implementing the rewards and punishment principle where DJP no longer necessity to use actual revenues from the tax audit or verification results as a performance measurement tool, DJP periodically conduct regular meetings with the Tax Court to form a same understanding of tax regulations, DJP immediately tap the evaluation result of Tax Court Decision to revise a regulation that are considered not fair and make new regulation against a business process which not yet regulated, and DJP make a discussion with Tax Court to create synergy about assessment of the evidence.