Dari sumber 23 prasasti Mpu Sindok dapat diketahui struktur pemerintahan kerajaan Mataram setelah pusatnya dipindahkan ke Jawa Timur, pada awalnya masih mengikuti struktur pemerintahan sebelumnya. Hal ini disebabkan Mpu Sindok pernah menjadi pejabat tinggi pada masa pemerintahan raja Rakai Layang Dyah Tulodhong dan raja Rakai Sumba Dyah Wawa. Demikian juga dengan sejumlah pejabat pada masa pemerintahan raja Wawa tetap dipakai sebagai pembantunya. Dalam perkembangannya kcmudian dilakukan perubahan, terutama pada pejabat yang menerima dan yang melaksanakan perintah raja, Serta pejabatan yang masuk dalam dewan penasehat raja.Sementara itu stmktur perwilayahan juga mengalami pcrubahan. Jika pada masa pemerintahan Raja Wawa, wilayah dibagi menjadi wilayah pusat pemerintahan di mana raja dan para pejabat tinggi kerajaan tiuggal, dikenal dengan sebutan wanna i jro turns (wilayah di dalam tembok/benteng/pagar). Wilayah ini dibatasi dengan wilayah wanna yang ada di empat penjuru mata angin. Kemudian ada wilayah watak dengan para Rakai (bangsawan keluarga raja) sebagai penguasanya. Wilayah warak ini tidak selalu sama iuasnya. Ada wilayah walak yang membawahi 4 wanna (desa), tetapi ada juga yang membawahi lebih dari I2 wanna. Tiap wanua dipimpin oleh seorang rama (kepala desa), atau lebih. Selumh wilayah kerajaan yang terdiri dari sejumlah watalc dan wanna, di sebut bhumi (kerajaan atau negara). Pada masa Mpu Sindok, wilayah kerajaan tidak lagi terdiri dari walak dan wanna, tetapi terdiri dari rajya atau lingkungan disekitar raja/keraton, sejumlah thani (desa) yang dipimpin oleh seorang duwan (kepaia desa). Lalu ada wisaya yang terdiri dari sejumlah thani.