Yayasan Trisakti merupakan badan hukum yang dibentuk dengan tujuan untuk bertindak sebagai pemilik, pengelola, pembina, penanggung jawab, dan badan penyelenggara Universitas Trisakti. Pada tahun 1998, Yayasan Trisakti telah mengangkat Prof.DR. Thoby Mutis sebagai Rektor Universitas Trisakti hingga periode 09 September 2002 ( 4 tahun ). Hingga periode jabatan yang ditentukan tersebut berakhir, Prof.Thoby Mutis menolak untuk berhenti dari jabatannya. Selanjutnya, Yayasan Trisakti menemukan banyak pelanggaran yang dilakukannya dan kemudian menggugat Prof. DR. Thoby Mutis atas dasar Perbuatan Melawan Hukum (PMH). Gugatan tersebut ditanggapi dengan jawaban mengenai status hukum Yayasan Trisakti yang tidak terbukti sebagai badan hukum yang sah sehingga tidak memiliki hubungan hukum dengan Universitas Trisakti. Melalui putusan Mahkamah Agung Republik Indonesia (MA) pada tanggal 25 April 2005, Prof. DR. Thoby Mutis dinyatakan terbukti melakukan PMH. Dengan penelitian kepustakaan, dan analisa putusan tersebut diperoleh kesimpulan bahwa Pasal 1365 KUHPer yang menjadi dasar hukum dari gugatan PMH merupakan kesatuan dari beberapa unsur yang tidak dapat dipisahkan, oleh karena tidak terpenuhinya salah satu unsur dari PMH sempat menggugurkan gugatan Yayasan Trisakti di Pengadilan Negeri. Selanjutnya, Status hukum Yayasan Trisakti sebagai badan hukum yang hanya dapat dibuktikan dengan akta pendirian yang berbentuk fotocopy tetap dinyatakan sah dengan pertimbangan dari Majelis Hakim MA.