Skripsi ini akan membahas mengenai perlindungan korban dan saksi dalam pelanggaran berat hak asasi manusia. Alasan penulis mengambil tema tentang perlindungan korban dan saksi adalah karena penulis melihat pentingnya peran korban dan saksi dalam mengungkap sebuah tindak pidana, terutama dalam perkara pelanggaran berat hak asasi manusia. Peran perlindungan korban dan saksi juga sangat penting untuk mendukung proses peradilan (pembuktian) yang fair dan obyektif. Karena tanpa perlindungan kepada korban dan saksi dari ancaman, teror, intimidasi, kekerasan, maka akan mempengaruhi proses peradilan yang fair dan obyektif.
Begitu pentingnya peran saksi dalam mengungkap sebuah kejahatan dan sebagai komponen pendukung terciptanya peradilan yang obyetif, tidak diimbangi dengan pranata yang memadai untuk melindungi korban dan saksi dari ancaman, teror, intimidasi dan kekerasan. Perlindungan kepada korban dan saksi hanya diatur oleh peraturan perundang-undangan dalam bentuk Peraturan Pemerintah Nomor 2 Tahun 2002.
Dalam proses Peradilan Pelanggaran Berat Hak Asasi Manusia Ad Hoc Tanjung Priok 12 September 1984, para korban terbagi dalam dua kelompok: satu kelompok mendukung penyelesaian kasus Tanjung Priok melalui mekanisme islah dan kelomok yang lain mendorong kasus Tanjung Priok diselesaikan melalui mekanisme Peradilan Hak Asasi Manusia. Kualitas kesaksian korban dari kelompok islah relatif 'mengamankan' posisi para terdakwa. Sedangkan kualitas kesaksian korban non islah sebaliknya, memberatkan posisi para terdakwa yang semuanya adalah anggota TNI atau mantan perwira TNI. Sementara kualitas kesaksian korban yang tidak masuk dalam kelompok islah sebaliknya.
Selain membahas mengenai perlindungan saksi dan korban, skripsi ini juga mengulas proses penyelesaian kasus pelanggaran berat hak asasi manusia Tanjung Priok, baik melalui pengadilan para korban Tanjung Priok, islah dan Pengadilan Hak Asasi Manusia Ad Hoc. Selain itu, juga akan dipaparkan mengenai pengaruh islah terhadap kualitas kesaksian saksi korban di pengadilan.