Lika-liku lahirnya UU No.16 Tahun 2003 memang cukup kompleks. Ketika peristiwa bom Bali terjadi, negara kita belum memiliki undang-undang antiterorisme. Peristiwa dahsyat dengan korban dan kerugian materiil maupun immateriil yang sangat besar ini membuat pemerintah cepat-cepat menerbitkan Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang (PERPU) No.1 Tahun 2002 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme. Namun tidak hanya itu, pemerintah juga menerbitkan PERPU No.2 Tahun 2002 tentang pemberlakuan PERPU No.1/2002 terhadap peristiwa peledakan bom Bali. Maka azas non retroaktif (azas tidak berlaku surut) yang merupakan azas universal yang tercantum dalam KUHP, telah dilanggar juga oleh PERPU No.2/2002 ini. Sebuah PERPU hanya diterbitkan dalam keadaan terpaksa, dan berlakunya pun hanya sementara karena harus segera mendapat persetujuan DPR agar dapat berlaku sebagai UU. Maka dengan persetujuan DPR, akhirnya kedua PERPU tersebut ditetapkan menjadi UU No.15 Tahun 2003 dan UU No.16 Tahun 2003. Atas permohonan uji materiil yang diajukan oleh salah satu terdakwa kasus bom Bali yang telah divonis dan sedang mengajukan upaya hukum banding, Masykur Abdul Kadir, MK pun menggelar sidang untuk menguji meteri UU No.16 Tahun 2003 terhadap UUD 1945. Kemudian MK akhirnya memutuskan bahwa UU No.16 Tahun 2003 tersebut bertentangan dengan UUD 1945, sehingga tidak mempunyai kekuatan hukum yang mengikat. Meski mahkamah penjaga konstitusi itu telah berbuat benar, namun berbagai komplikasi pelaksanaan hukum akan muncul sebagai akibatnya. Sebagian besar pelaku peristiwa bom Bali, yang memakan korban jiwa lebih dari 200 orang itu, yang telah diproses secara hukum dengan memakai UU No.16 Tahun 2003 sebagai dasar hukum. Akan tetapi, masih terdapat beberapa tersangka pelaku bom Bali yang hingga kini masih belum berhasil ditangkap. Sehingga pihak kepolisian seolah terhambat dalam melakukan penyidikan lanjutan untuk mengungkap semua pelaku kasus bom Bali. Namun dibalik itu juga terdapat nilai positif yang bisa didapat, antara lain berkaitan dengan peningkatan usaha penegakan hukum dan hak asasi manusia oleh lembaga peradilan kita, dan dalam hal ini yang dimaksud adalah Mahkamah Konstitusi itu sendiri.