Undang-undang No. 39 tentang Hak Asasi Manusia dianggap sebuah peraturan terobosan, yang dibuat oleh pemerintah Indonesia setelah pemerintahan Presiden Soeharto. Yang diikuti oleh keluarnya sebuah lembaga baru yang khusus untuk mengadili pelanggaran-pelanggaran terhadap HAM yaitu Pengadilan HAM dengan undang-undang No 26 tahun 2000 sebagai dasar pembentukannya.Ternyata pada kenyataanya usaha pemerintah untuk menyelesaikan masa lalunya tidak bisa hanya melalui sebuah lembaga pengadilan HAM. Susahnya menguak masa lalu, hanya dengan lembaga pengadilan HAM, terasa ketika para terdakwa kasus pelangaran berat HAM yang diproses melalui pengadilan HAM pada putusan akhirnya dinyatakan bebas. Kecewa adalah perasaan yang pasti keluar dari hati para korban melihat para terdakwa bebas dari semua tuntutan.Bebasnya para terdakwa kasus pelanggaran berat HAM TIMTIM ini mengindikasikan bahwa untuk mencari keadilan dimasa perubahan sangatlah susah. Oleh karena susahnya mencari keadilan dimasa transisi maka pemerintah, dengan melihat dari pengalaman-pengalaman negara lain dalam mengatasi masa lalunya, akhirnya mengeluarkan sebuah undang-undang No 27 tahun 2004 tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR). Dengan hadirnya KKR maka diharapkan dapat memberikan rasa keadilan yang diinginkan oleh para korban, walaupun akan terasa naïf bila kita tidak mengatakan bahwa rasa keadilan dimasa transisi akan terasa jauh dengan rasa keadilan di masa yang normal. Disamping itu juga kehadiran KKR diharapkan dapat memberikan masukan kepada pemerintah maupun masyarakat Indonesia agar peristiwa-peristiwa pelanggaran HAM yang berat yang terjadi dimasa lalu tidak terulang. Serta kehadiran KKR juga diharapkan dapat meluruskan sejarah masa lalu bangsa Indonesia.