Alasan pemberlakuan status darurat militer di Aceh berdasarkan Keppres No. 28 Tahun 2003 adalah tidak terhentinya niat dan tindakan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) untuk memisahkan diri dari wilayah NKRI, serta semakin meningkatnya tindakan kekerasan bersenjata yang kian mengarah pada tindakan terorisme. Secara historis, tumbuhnya separatisme dan kekerasan bersenjata terdiri dari 2 (dua) sebab yang berbeda mengingat tatanan konflik yang berbeda pula. Konflik antar elit politik serta konflik antara pemilik modal dan rakyat. Dalam praktik, Jaksa Penuntut Umum (JPU) mengelaborasi hal tersebut dengan melakukan penuntutan berdasarkan tindak pidana makar dan terorisme. Tindak pidana makar merupakan tindak pidana yang bertujuan politik. Di sisi lain, Perpu No. 1 Tahun 2002 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme mengecualikan tindak pidana terorisme dari tindak pidana dengan tujuan politik karena adanya hambatan ekstradisi.