Pengembangan sistem perbankan syariah sebagai wujud“dual banking system” di Indonesia merupakan sesuatu yangtak terhindarkan. Perbankan syariah sebagai suatu lembagakeuangan merupakan bank yang menyalurkan pembiayaanberdasarkan prinsip syariah, di antaranya murabahah.Murabahah merupakan transaksi penjualan barang denganmenyatakan harga perolehan dan keuntungan (margin) yangdisepakati antara bank dan nasabah. Pada umumnya murabahahmenguasai sebagian besar dari total pembiayaan yangdisalurkan bank syariah. Permasalahan kemudian munculsetelah keluarnya Surat Dirjen Pajak No. S-243/PJ.53/2003dan Surat No. S-1071/PJ.53/2003 pada pertengahan tahun 2003lalu yang isinya menjelaskan bahwa transaksi murabahah padaperbankan syariah merupakan obyek PPN. Permasalahan inijuga dialami oleh Bank Internasional Indonesia (BII)Syariah yang berdiri pada tanggal 23 Mei 2003. BII Syariahmenyalurkan murabahah lebih dari 50% dari total pembiayaanyang disalurkan. Berdasarkan studi kepustakaan yangdidukung dengan wawancara dengan pihak terkait, dapatdisimpulkan bahwa transaksi murabahah merupakan obyek PPNkarena terdapat proses jual beli yang menimbulkan adanyapenyerahan BKP yang merupakan obyek PPN. Terdapat perbedaanpendapat antara pihak BII Syariah dan pihak Dirjen Pajakmengenai permasalahan ini. Perbedaan tersebut terjadikarena ada perbedaan penafsiran terhadap undang-undangperbankan dan undang-undang perpajakan. Pemerintah harusmenanggapi permasalahan ini dengan secepatnya melakukanharmonisasi terhadap undang-undang yang saling berkaitansatu sama lain. Dengan demikian, perbedaan penafsiranantara pihak-pihak yang terkait dapat dihindarkan sehingga tercipta kepastian hukum mengenai permasalahan ini.