ABSTRAK
Pendahuluan: Jalur gen Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) berperandalam regulasi proliferasi sel, ketahanan hidup, diferensiasi, dan progresi tumor.Gen EGFR dengan domain tirosin kinase dalam ekson 18-21 yang mengalamimutasi berkorelasi secara respons klinik dengan pemberian Tyrosine KinaseInhibitor (TKI). Hal tersebut menyebabkan status mutasi gen EGFR menjadifaktor prediktif dalam pemberian TKI pada Kanker Paru Karsinoma Bukan SelKecil (KPKBSK). Namun pemeriksaan baku emas dalam mendeteksi mutasi genEGFR adalah menggunakan direct sequencing yang membutuhkan jumlah sampeldengan sel kanker yang banyak, dengan sensitifitas yang rendah dan teknik yangtidak seragam.Metode penelitian: Metode PNA-LNA PCR Clamp mampu mendeteksi mutasigen EGFR dengan rasio 1:1000 pada latar wild type. Metode ini menggunakanmekanisme imhibisi oleh Peptide Nucleic Acid (PNA) dan Locked Nucleic Acid(LNA) dalam urutan yang hampir sama ketika diamplifikasi menggunakan mesinreal time PCR. Alel wild type a.kan dihambat oleh PNA sementara itu alel mutanakan berikatan dengan LNA dan ketika terjadi proses amplifikasi oleh DNApolimerase maka akan menyebabkan probe fluorogenik akan terpisah danberpendar seiring dengan semakin meningkatnya siklus yang akan dideteksi olehmesin SmartCycler. Hasil analisis dapat dijalankan selama 2 jam setelahdilakukan isolasi DNA. Sampel yang digunakan adalah PC9 (adenokarsinoma),PC3 (kanker prostate), H1975 (KPKBSK), dan H1299 H1975 (KPKBSK),Masing-masing sampel yang dibutuhkan adalah 15 μl dengan konsentrasi DNA 10ng/μl.Hasil Penelitian: Metode PNA-LNA PCR Clamp mampu mendeteksi jenismutasi E746-A750del-1p (tipe 1) pada sampel PC9 , delesi ekson 19 pada sampelPC3, T790M dan L858R pada sampel H1975, sementara itu tidak ditemukanmutasi pada sampel H1299.Kesimpulan: Metode PNA-LNA PCR Clamp dapat digunakan sebagaipemeriksaan alternatif dalam mendeteksi mutasi gen EGFR.

---

ABSTRACT
Introduction: Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) signaling pathwayplay a role in regulation of cell proliferation, survival, differentiation and tumorprogression. Tyrosin kinase domain within exon 18-21 of EGFR gene hadmutation significantly correlated with clinical response to Tyrosine KinaseInhibitor (TKI). Thus, EGFR gene mutation become a biomarker predictor to NonSmall Cell Lung Cancer (NSCLC) treatment. However, the gold standar indetecting EGFR gene mutation is direct sequencing method which requires mostlycancer cells, low sensitivity and ununiformly technical handling..Methods: A novel method which could allow detect EGFR gene mutation in1:1000 wild type background has developed. It needs only a small amount ofcitology or histopatology samples in one day processing. It works based oninhibitory mechanism between Peptide Nucleic Acid (PNA) and Locked NucleicAcid (LNA) in the nearly same sequences when it is amplified by PCR machine.PNA will attach to wild type allele so further amplification would be inhibitedwhile LNA will attach to mutant allele then it would be flourecence when it isseparated from sequencer during amplification by Taqman enzyme. Finally, Realtime PCR machine will detect the signal from the mutant sequence thus mutantdetermination would be analyzed after 2 hours running. The samples are PC9(adenocarcinoma), PC3 (prostate cancer), H1975 (non small cell lung cancer), andH1299 (non small cell lung cancer). Total amount of each sample is 15 μl withDNA concentration is 10 ng/μl.Results: This method reveals the mutations which are E746-A750del-1p (type 1)in PC9, exon 19 deletion in PC3, T790M and L858R in H1975 while no mutationin H1299.Conclusion The PNA-LNA PCR Clamp could be an alternative method indetecting EGFR gene mutation.