Pylogenetic tree merupakan tree yang merepresentasikan evolusi dariberbagai spesies hidup di bumi. Untuk membangun phylogenetic tree inidibutuhkan suatu matriks jarak yang elemen-elemennya merupakan jarakdari tiap pasang spesies yang terlibat. Jarak ini diperoleh denganmenggunakan metode tertentu, diantaranya yaitu metode Jukes-Cantor danmetode Kimura. Penulisan skripsi ini bertujuan untuk membentuk matriksjarak dengan menggunakan metode Jukes-Cantor dan metode Kimura yangselanjutnya akan disimulasikan terhadap data koleksi DNA dari 10 spesieskelompok Khamir milik Wellyzar Sjamsuridjal, Ph.D.. Dari matriks jarakyang terbentuk, selanjutnya akan dibangun phylogenetic tree yang akandianalisa dengan melihat pola percabangannya. Dari hasil simulasi dapatdisimpulkan bahwa nilai yang dihasilkan oleh masing-masing matriks jarakdan pola percabangan yang dihasilkan oleh masing-masing phylogenetic treetidak begitu jauh berbeda. Namun berdasarkan teori, metode Kimura lebihmerepresentasikan kondisi yang sebenarnya dibandingkan dengan metodeJukes-Cantor.