Penelitian dilakukan untuk memperoleh identitas 12 isolat khamir dari perairan laut dan mangrove Cagar Alam Pulau Rambut berdasarkan daerah internal transcribed spacer (ITS1; 5,8S dan ITS2). Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi dan Laboratorium Genetika, Departemen Biologi, FMIPA UI, Depok dari September 2006 hingga September 2007. Daerah ITS diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer ITS 5 (forward) dan ITS 4 (reverse). Elektroforesis hasil PCR dari 12 isolat memperlihatkan polimorfisme fragmen daerah ITS berukuran 400--700 pb yang mengindikasikan adanya keanekaragaman genetik. Primer ITS 5 (forward) digunakan dalam reaksi cycle sequencing daerah ITS. Pencarian homologi data sequence pada database DNA GenBank menggunakan program basic local alignment search tool (BLAST). Berdasarkan analisis sequence daerah ITS, 12 isolat khamir diidentifikasi sebagai: Candida Berkhout sp.1. (isolat W1114), Candida Berkhout sp. 2. (isolat W144), Candida Berkhout sp.3. (isolat W127), C. fukuyamaensis Nakase dkk. (isolat W1126), C. parapsilosis (Ashford) Langeron & Talice (isolat W314), Debaryomyces Lodder & Kregervan Rij sp. (isolat W3324), D. hansenii (Zopf) Lodder & Kreger-van Rij (isolat W3351), Rhodotorula minuta (Saito) F.C Harrison (isolat W3329), R. mucilaginosa (Jorgensen) F.C. Harrison (isolat W322, W324 dan W325), dan Trichosporon dermatis Sugita, Takashima, Nakase & Shinoda (isolat W3338).