Telah dilakukan penelitian yang bertujuan menganalisis DNA genom118 generasi pertama (T0) dengan metode Southern hybridization dan 549generasi kedua (T1) dengan metode PCR dan uji seleksi pada tanaman padi(Oryza sativa L.) hasil transformasi T-DNA yang mengandung transposonAc/Ds pembawa activation tag, melalui metode infeksi Agrobacteriumtumefaciens L. dengan plasmid pMO22. Penelitian dilakukan di LaboratoriumBiologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 10bulan (Agustus 2007--Mei 2008). Analisis Southern hybridizationmenunjukkan 9 dari 46 tanaman T0 mengandung single copy T-DNA.Generasi T1 yang diperoleh dari 9 parental (T0) yaitu sebanyak 549tanaman. Analisis aktivitas transposon Ds pada 161 tanaman T1 dari 5parental T0 dengan PCR eksisi menunjukkan 110 tanaman memiliki aktivitastransposon Ds. Keberadaan transposon Ac/Ds pada genom tanaman T1dideteksi dengan penanda reporter gen gfp, bar, dan hpt. Uji GFP tidakberhasil mendeteksi gen gfp dalam transposon Ds karena ekspresi gentersebut lemah. Uji seleksi basta dan uji higromisin pada 161 tanaman T1dari 5 parental T0 menunjukkan 78 tanaman mutan yang mengandungtransposon Ds stabil (tidak mengandung transposon Ac). Penelitian berhasilmembuktikan sistem transposon Ac/Ds dapat digunakan untuk memperolehpopulasi tanaman padi mutan yang mengandung transposon Ds stabilpembawa activation tag, dengan posisi yang berbeda-beda.