Kenaikan suhu permukaan laut yang ekstrim dan bernilai di atas normal selama beberapa bulan yakni saat periode El Ni o 2006 dan 2009 2010 menyebabkan terumbu karang mengalami kematian karena berkaitan dengan keluarnya alga simbiotik zooxanthellae dari jaringan karang Sebaran terumbu karang dan suhu permukaan laut diperoleh melalui pengolahan citra Landsat 5 TM yang dipadukan dengan survei lapangan pada 50 lokasi Penelitian ini menganalisis perubahan luas terumbu karang karena pengaruh El Ni o menggunakan analisis komparasi keruangan dengan metode tumpang susun peta Terumbu karang dengan perubahan yang besar berada pada wilayah dengan karakteristik kenaikan suhu permukaan laut yang tinggi serta arah arus yang menuju ke terumbu karang tersebut jika arus datang dari arah timur maka terumbu karang yang berada di bagian timur pulau akan memiliki perubahan yang lebih besar daripada bagian barat pulau dan sebaliknya.

---

Sea surface temperature rise in a few months during the El Ni o period involve coral mortality which related to the release of symbiotic algae zooxanthellae from the coral tissues Distribution of coral reef and sea surface temperature obtain by Landsat 5 TM image which combine with field survey in 50 locations This research analyse coral reef changes due to the influence of El Ni o using spatial comparation analysis with overlay map method Coral reef which has major changes is located in region with the characteristic high level of sea surface temperature and sea surface current direction towards to coral reef area if sea surface current occur from east then coral reef which located in the eastern island has a bigger changes than the western island and vice versa.